| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 573,977 | C→T | L8F (CTT→TTT) | quuD → | prophage antitermination protein Q homolog QuuD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 573,977 | 0 | C | T | 99.3% | 487.1 / NA | 142 | L8F (CTT→TTT) | quuD | prophage antitermination protein Q homolog QuuD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (67/73); total (68/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TACCAAAGGTGGGAGGCTGGAACTGACCATCACCGAAATGGGGAATGAATGATGTTTGAGTTTAATATGGCAGAACTTCTTCGCCACCGCTGGGGGCGTCTGCGCTTATATCGTTTCCCCGGTTCTGTTTTGACCGATTACCGAATACTGAAGAATTACGCCAAAACCCTGACAGGAGCAGGAGTATGAAGTCAGAGATAACAATCAACTAATACTGTTTTGTTGATTTTTGCTTGTAATTGGCGTTCTGGTCTGATTTTTGTGGAGTAAGTTGATGCGTGATATTCAGATGGTTCTTGAGCGTTGGGGAGCG‑TGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTC‑TGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATT > NC_000913/573682‑574273 | tACCAAAGGTGGGAGGCTGGAACTGACCATCACCGAAATGGGGAATGAATGATGTTTGAGTTTAATATGGCAGAACTTCTTCGCCACCGCTGGGGGCGTCTGCGCTTATATCGTTTCCCCGGTTCTGTTTTGACCGATTACCGAATACTGAAGAATTACGCCAAAACCCTGACAGGAGCAGGAGTATGAAGTCAGAGATAACAATCAACTAATACTGTTTTGTTGATTTTTGCTTGTAATTGGCGTTCTGGTCTGATTTTTGTGGAGTAAGTTGATGCGTGATATTCAGATGGTTTTTGa > 1:418087/1‑300 (MQ=255) 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tCAGATGGTTTTTGAGCGTTGGGGAGCG‑TGGGCGACTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTTTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTC‑TGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAggg < 1:236236/300‑1 (MQ=255) ggTTTTTGAGCGTTGGGGAGCG‑TGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGTTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTC‑TGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAAt < 2:301737/300‑1 (MQ=255) gTTCTTGAGCGTTGGGGAGCG‑TGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTACCATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGACAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATCATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGATC‑TGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGCAGGCTGAGGGCATAAtt > 2:333868/1‑300 (MQ=255) | TACCAAAGGTGGGAGGCTGGAACTGACCATCACCGAAATGGGGAATGAATGATGTTTGAGTTTAATATGGCAGAACTTCTTCGCCACCGCTGGGGGCGTCTGCGCTTATATCGTTTCCCCGGTTCTGTTTTGACCGATTACCGAATACTGAAGAATTACGCCAAAACCCTGACAGGAGCAGGAGTATGAAGTCAGAGATAACAATCAACTAATACTGTTTTGTTGATTTTTGCTTGTAATTGGCGTTCTGGTCTGATTTTTGTGGAGTAAGTTGATGCGTGATATTCAGATGGTTCTTGAGCGTTGGGGAGCG‑TGGGCGGCTAATAATCATGAAGATGTGACCTGGTCGTCCATTGCCGCCGGTTTTAAGGGATTAATTACTTCAAAAGTAAAATCTCGCCCGCAATGTTGTGACGATGACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTC‑TGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATT > NC_000913/573682‑574273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |