| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,494,432 | C→T | intergenic (‑26/‑191) | idnD ← / → idnK | L‑idonate 5‑dehydrogenase/D‑gluconate kinase, thermosensitive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,494,432 | 0 | C | T | 98.0% | 324.8 / ‑5.6 | 99 | intergenic (‑26/‑191) | idnD/idnK | L‑idonate 5‑dehydrogenase/D‑gluconate kinase, thermosensitive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (49/48); total (49/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGATTAATGGCTACCGTTTGCCCTTCATGTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATC‑ATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATTTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGCATAAATTCCTCACTGGTCAGGTAGACACCTCGGAAGCATTTAAGCGGTTTTAACTGTCATTATTTGTGATGAAGATCACGTCAGAAAATTGTTACATTACTATGTTACGCATAACGTGATGTGCCTTGTAATTCTTATCAGTAGAAATAAAAAAACGTGAAATTATTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGAT > NC_000913/4494141‑4494721 | ggATTAATGGCTACCGTTTGCCCTTCATGTAATTCTGAGGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATC‑ATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATTTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGCATAAATTCCTCACTGGTCAGTTAGACACCTcttaac < 2:679252/300‑6 (MQ=255) 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GGATTAATGGCTACCGTTTGCCCTTCATGTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATC‑ATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATTTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGCATAAATTCCTCACTGGTCAGGTAGACACCTCGGAAGCATTTAAGCGGTTTTAACTGTCATTATTTGTGATGAAGATCACGTCAGAAAATTGTTACATTACTATGTTACGCATAACGTGATGTGCCTTGTAATTCTTATCAGTAGAAATAAAAAAACGTGAAATTATTATGCCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGAT > NC_000913/4494141‑4494721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |