| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,462,277 | C→T | Q128Q (CAG→CAA) | nrdD ← | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,462,277 | 0 | C | T | 98.4% | 213.5 / NA | 63 | Q128Q (CAG→CAA) | nrdD | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (33/29); minor base G (0/1); total (33/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCAATCTCGGCGTTCCCCATTTTAAAGCCCTGGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACATGCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAGTAATCGAGATCGTGATAGTGAATATCGCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGCTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAACCGCGGCAACAGTGGCGCAATAATCGGCATCATC > NC_000913/4461983‑4462561 | gTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCAATCTCGGCGTTCCCCATTTTAAAGCCCTGGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACATGCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAGTAATCGAGATCGTGATAGTGAATATCGCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGt < 1:682805/300‑1 (MQ=255)gTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCAATCTCGGCGTTCCCCATTTTAAAGCCCTGGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACATGCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAGTAATCGAGATCGTGATAGTGAATATCGCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCAGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGt > 1:504494/1‑300 (MQ=255) tAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCAATCTCGGCGTTCCCCATTTTAAAGCCCTGGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACATGCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAGTAATCGAGATCGTGATAGTGAATATCGCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCt < 1:483782/300‑1 (MQ=255) tAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCAATCTCGGCGTTCACCATTTTAAAGCCCTGGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACATGCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAGTAATCGAGATCGTGATAGTGAATATCGCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCAAGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCAGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTgcct > 2:125505/1‑297 (MQ=255) 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tGAATATCGCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGAtc < 2:74980/300‑1 (MQ=255) tGAATATCGCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGAtc < 1:51571/300‑1 (MQ=255) tGAATATCGCCACACTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCTGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGAtc < 2:170570/300‑1 (MQ=255) 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gCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGc > 1:507861/1‑300 (MQ=255) cGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCa > 1:456781/1‑300 (MQ=255) gTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAAc > 1:405233/1‑300 (MQ=255) gTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGGTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTTGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAAc < 2:424160/300‑1 (MQ=255) gCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAAcc > 2:324267/1‑299 (MQ=255) cGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAGGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGNTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAAc > 1:170965/1‑293 (MQ=255) 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gtgtTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAACCGCGGCAACAGTGgc > 1:694273/1‑300 (MQ=255) gtgtTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCAAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAACCGCGGCAACAGTGgc > 2:725671/1‑300 (MQ=255) ttAGCCACGATCCCGGCCAGCATGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAACCGCGGCAACAGTGGCGCaa < 2:504494/300‑1 (MQ=255) cGGCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGTATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAACCGCGGCAACAGTGGCGCAATAATCGGcatcat > 1:248957/1‑300 (MQ=255) ggCCAGCAGGTCGCGTTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAACCGCGGCAACAGTGGCGCAATAATCGGCatcatc > 1:718466/1‑300 (MQ=255) | GTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCAATCTCGGCGTTCCCCATTTTAAAGCCCTGGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACATGCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAGTAATCGAGATCGTGATAGTGAATATCGCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGCTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGACCAGACCACGGATCTCCTGGTTCAGGCGACCGCGTTTTTCACGTTCAATGTCGCGATCGTGACGGTACTCGATGTAAGCACGAGCCAGTTGTTTGTATGGACCTGACATCAGCTGATTTTCAACTGCGGTCTGGATCTCATTGATATCCACCTGGTTGCGGCCCTGCATCTGCTCGCTGACAACCGCGGCAACAGTGGCGCAATAATCGGCATCATC > NC_000913/4461983‑4462561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |