| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,442,405 | C→T | C8C (TGC→TGT) | tamA → | translocation and assembly module subunit TamA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,442,405 | 0 | C | T | 99.2% | 401.3 / NA | 121 | C8C (TGC→TGT) | tamA | translocation and assembly module subunit TamA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (52/68); minor base G (0/1); total (52/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGGTTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCTTTCTACGATTGAAAGTGATGAAGTGACGCCAGACCGTCGCTTTCGCGCACGCGTCGATGATGCCATCCGCGAAGGTCTGAAAGCGCTGGGTTATTACCAGCCGACCATTGAATTTGATCTCCGTCCACCGCCAAAGAAAGGGCGGCAGGTATTGATCGCCAAAGTCACGCCAGGCGTGCCGGTGTTAAT > NC_000913/4442112‑4442698 | ggggTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGGTTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGTTGTGTa > 1:17437/1‑300 (MQ=255)agggTGTCACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGGTTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATCACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGTTGTGTa > 2:79985/2‑300 (MQ=255) gggTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGGTTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGTTGTGTaa < 1:9545/300‑1 (MQ=255) gtgtTACGTCCAGGCANGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGGTTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTCATCCATATTACTGGATTTTTGTTCCGCCGTGTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGANAATGTGCGCTATATCCGANAGTTATGTTGTGTaa > 1:668331/1‑298 (MQ=255) 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atCCGACAGTTATGGTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGATGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCTTTCTACGATTGAAAGTGATGAAGTGACGCCAGACCGTCGCTTTCGCGCACGCGTCGATGATGCCATCCGCGAAGGTCTGAAAGCGCTGGGTTATTACCAGCCGACCATTGAATTTGATCTCCGTCCACCGCCAAAGAAAGGGCGGCAGGTATTGATCGCCAAAGTCACGCCAGGCGTGCCg < 2:95820/300‑1 (MQ=255) cAGTTATGTTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCTTTCTACGATTGAAAGTGATGAAGTGACGCCAGACCGTCGCTTTCGCGCACGCGTCGATGATGCCATCCGCGAAGGTCTGAAAGCGCTGGGTTATTACCAGCCGACCATTGAATTTGATCTCCGTCCACCGCCAAAGAAAGGGCGGCAGGTATTGATCGCCAAAGTCACGCCAGGCGTGCCGGTGTTa > 1:85218/1‑300 (MQ=255) gTTATGTTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCTTTCTACGATTGAAAGTGATGAAGTGACGCCAGACCGTCGCTTTCGCGCACGCGTCGATGATGCCATCCGCGAAGGTCTGAAAGCGCTGGGTTATTACCAGCCGACCATTGAATTTGATCTCCGTCCACCGCCAAAGAAAGGGCGGCAGGTATTGATCGCCAAAGTCACGCCAGGCGTGCCGGTGTTAAt < 1:772554/300‑1 (MQ=255) | GGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGGTTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCTTTCTACGATTGAAAGTGATGAAGTGACGCCAGACCGTCGCTTTCGCGCACGCGTCGATGATGCCATCCGCGAAGGTCTGAAAGCGCTGGGTTATTACCAGCCGACCATTGAATTTGATCTCCGTCCACCGCCAAAGAAAGGGCGGCAGGTATTGATCGCCAAAGTCACGCCAGGCGTGCCGGTGTTAAT > NC_000913/4442112‑4442698 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |