| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,476,485 | G→A | intergenic (‑45/+122) | yheO ← / ← fkpA | DNA‑binding transcriptional regulator YheO/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase FkpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,476,485 | 0 | G | A | 99.0% | 335.9 / NA | 102 | intergenic (‑45/+122) | yheO/fkpA | DNA‑binding transcriptional regulator YheO/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase FkpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (56/45); total (56/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ACGTAGCGCCAGGTCAGTAATTGGCGAACCAATCTTCCGGCCTGTATGTTCACCGTTAGCAATGCGAATGGCTGAACATTTTAGATCCTGCAAAGAGTGCAAAACGATTTCACAGTGGGAGCCAATAAGCATCGCTAACCCGTCCACCACCGCTTCGTAGGATTTCAGAATATCAAAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGTGGGATCCCCGGAACACCCGCTTTGCCGTAAGCCAGTTCTGGTGGAATAACCAGTTTGATC > NC_000913/3476189‑3476778 | aCGTAGCGCCAGGTCAGTAATTGGCGAACCAATCTTCCGGCCTGTATGTTCACCGTTAGCAATGCGAATGGCTGAACATTTTAGATCCTGCAAAGAGTGCAAAACGATTTCACAGTGGGAGCCAATAAGCATCGCTAACCCGTCCACCACCGCTTCGTAGGATTTCAGAATATCAAAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTGACTTTTCAGAGCa > 2:404713/1‑300 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aCTTTTCAGAGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCATGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGTGGGATCCACGGAACACCCGCTTTGCCGTAAGCCAGTTCTGGTGGAATAAACAGttt > 2:650630/1‑299 (MQ=255) tttCAGAGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCTGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACTTCAAACACCAGGTTAGAATTCGGTGGGATCCCCGGAACACCCGCTTTGCCGTAAGCCAGTTCTGGTGGAATAACCAGTTTGATc < 1:64380/300‑1 (MQ=255) tttCAGAGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGTGGGATCCCCGGAACACCCGCTTTGCCGTAAGCCAGTTCTGGTGGAATAACCAGTTTGATc < 1:416445/300‑1 (MQ=255) | ACGTAGCGCCAGGTCAGTAATTGGCGAACCAATCTTCCGGCCTGTATGTTCACCGTTAGCAATGCGAATGGCTGAACATTTTAGATCCTGCAAAGAGTGCAAAACGATTTCACAGTGGGAGCCAATAAGCATCGCTAACCCGTCCACCACCGCTTCGTAGGATTTCAGAATATCAAAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTCAAACACCAGGGTAGAATTCGGTGGGATCCCCGGAACACCCGCTTTGCCGTAAGCCAGTTCTGGTGGAATAACCAGTTTGATC > NC_000913/3476189‑3476778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |