| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,291,761 | G→A | A141T (GCT→ACT) | yraK → | putative fimbrial adhesin YraK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,291,761 | 0 | G | A | 99.2% | 390.9 / NA | 119 | A141T (GCT→ACT) | yraK | putative fimbrial adhesin YraK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (69/49); minor base C (1/0); total (70/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCT‑GCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGACAGCCTGGATATTAAAACCACATTACAGGCAAACGACATTCCAGGACTCACAACCGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGTGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGTCACCAAGCCATTTCTCGGCTCGATGACCATTCCGAAAACGGATATTGCCGTCATTAAAGGCGCGTGGGTCGATGGAATGGGAAGCCCGTCTACAGGTGACTTCCATGATTTAGTCAAGTTATCGATTCAGGGAAATCTCACCGCCCCACAGTCGTGCAAAATTAATCAGGGCGATGTTATTAAGGTTAATTTTGGATTCATCAATGG > NC_000913/3291472‑3292056 | gTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCT‑GCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCAGTACTTACCAACACTGGACATCAGACCGGATATTACAAACTCAATGACAGCCTGGATATTAAAACCACATTACAGGCAAACGACATTCCAGGACTCACAACCGACTAGGTTGTCTATGTTAACACCCGATTCACACAGATAACAACCAACACGGTATAGTCTCCTGCAAACCaa > 2:347135/1‑300 (MQ=255) 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GGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCT‑GCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGACAGCCTGGATATTAAAACCACATTACAGGCAAACGACATTCCAGGACTCACAACCGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGTGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGTCACCAAGCCATTTCTCGGCTCGATGACCATTCCGAAAACGGATATTGCCGTCATTAAAGGCGCGTGGGTCGATGGAATGGGAAGCCCGTCTACAGGTGACTTCCATGATTTAGTCAAGTTATCGATTCAGGGAAATCTCACCGCCCCACAGTCGTGCAAAATTAATCAGGGCGATGTTATTAAGGTTAATTTTGGATTCATCAATGG > NC_000913/3291472‑3292056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |