| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,603,368 | C→T | A117V (GCC→GTC) | lsrC → | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,603,368 | 0 | C | T | 98.9% | 304.9 / NA | 89 | A117V (GCC→GTC) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (42/46); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTCCGCCCCGCTGCTGCTTGGCGTTTCAGCAATTGGTTGGTTGACGATAATTCTGGTGGCATTTATGGCCTGGCTGCTGGCAAAGACGGCGTTTGGACGCAGTTTTTATGCCACGGGCGATAATTTACAGGGCGCTCGTCAACTGGGCGTTCGTACTGAAGCCATTCGC > NC_000913/1603072‑1603639 | gctgctGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCAt > 1:469914/1‑300 (MQ=255) tgTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCAttgtt > 1:7666/1‑299 (MQ=255) tATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCAccc < 1:5598/300‑1 (MQ=255) ggTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGTGCGCGACGCGGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCa < 2:750598/298‑1 (MQ=255) ggTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACg < 1:702132/300‑1 (MQ=255) ggTTTCCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACg < 1:321894/300‑1 (MQ=255) aGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCTACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACag < 2:698469/298‑1 (MQ=255) aGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACag < 2:698553/298‑1 (MQ=255) aGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACag < 1:753507/298‑1 (MQ=255) gtgtttAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAgg < 2:366028/297‑1 (MQ=255) 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gtgtGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGt < 1:99374/300‑1 (MQ=255) aaaCGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCtg < 1:636619/299‑1 (MQ=255) gTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGTCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCaaa > 1:601862/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |