| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,597,608 | C→T | intergenic (‑5166/+1009) | hipB ← / ← lsrK | antitoxin/DNA‑binding transcriptional repressor HipB/autoinducer‑2 kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,597,608 | 0 | C | T | 99.0% | 349.9 / NA | 104 | intergenic (‑5166/+1009) | hipB/lsrK | antitoxin/DNA‑binding transcriptional repressor HipB/autoinducer‑2 kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (54/49); total (54/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TCGCGAATAGTCGCCTCCCCAGTTCCTTGATTACCAATTTGAAATTCAATTGAGGAATCATTATTTTTTATTAGCCACTCGCCACCCTTTTCAACGACAACCTGGCCATTACTGCCCGCCTGATAGCCTAAAATGGCGACGATTGAACTCGTGACGTAACCCTTATCCGTAATATTTAATGAACCTGTGCCATAGCTACCTATTTCGAATAATTCGGTCGTCAGAACAGAGTCCTCTCCCTCAACATTGACCGTCCCGACGCCTCCTGTCGAAGAACCTAATCTTAAATAGCCTCCATCGACGTGACCCTTCTGTTTAATATTCAGCGTCCCCGTTCCGGATTGACCCACATTTAAAGGCCTTGCATTATTTCCGCTATCATACAATCGCCAGGTGCCACCCAAAACATTAACGGTGCCCTCTGAGTCCTCATTAGCGCCAATGACGCTGGTAGTAATAGTGGTTAAGGAGGCATTACCGCCAGCCAAAATATTAAGCACTCCAGTGCCATACCAGCCAACCAGGTAGGCATCATAAGCAACATCAGTATCAATATTGGTAATCTGATCATTATCAACTTCCAGACTTGC > NC_000913/1597314‑1597903 | tCGCGAATAGTCGTCTCCCCAGTTCCTTGATTACCAATTTGAAATTCAAGTGAGGAATCATTATTTTTTATTAGCCACTCGCCACCCTTTTCAACGACAACCTGGCCATTACTGCCCGCCTGATAGCCTAAAATGGCGACGATTGAACTCGTGACGTAACCCTTATCCGTAATATTTAATGAACCTGTGCCATAGCTACCTATTTCGAATAATTCGGTCGTCAGAACAGAGTCCTCTCCCTCAACATTGACCGTCCCGACGCCTCCTGTCGAAGAACCTAATCTTAAATGGCCTTCATc < 2:783484/299‑1 (MQ=255) 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aTCTTAAATAGCCTTCATCGACGTGACCCTTCTGTTTAATATTCAGCGTCCCCGTTCCGGATTGACCCACATTTAAAGGCCTTGCATTATTTCCGCTATCATACAATCGCCAGGTGCCACCCAAAACATTAACGGTGCCCTCTGAGTCCTCATTAGCGCCAATGACGCTGGTAGTAATAGTGGTTAAGGAGGCATTACCGCCAGCCAAAATATTAAGCACTCCAGTGCCATACCAGCCAACCAGGTAGGCATCATAAGCAACATCAGTATCAATATTGGTAATCTGATCATTATCAACtt > 2:710935/1‑300 (MQ=255) gCCTTCATCGACGTGACCCTTCTGTTTAATATTCAGCGTCCCCGTTCCGGATTGACCCACATTTAAAGGCCTTGCATTATTTCCGCTATCATACAATCGCCAGGTGCCACCCAAAACATTAACGGTGCCCTCTGAGTCCTCATTAGCGCCAATGACGCTGGTAGTAATAGTGGTTAAGGAGGCATTACCGCCAGCCAAAATATTAAGCACTCCAGTGCCATACCAGCCAACCAGGTAGGCATCATAAGCAACATCAGTATCAATATTGGTAATCTGATCATTATCAACTTCCAGACTTGc > 1:308114/1‑300 (MQ=255) gCCTTCATCGACGTGACCCTTCTGTTTAATATTCAGCGTCCCCGTTCCGGATTGACCCACATTTAAAGGCCTTGCATTATTTCCGCTATCATACAATCGCCAGGTGCCACCCAAAACATTAACGGTGCCCTCTGAGTCCTCATTAGCGCCAATGACGCTGGTAGTAATAGTGGTTAAGGAGGCATTACCGCCAGCCAAAATATTAAGCACTCCAGTGCCATACCAGCCAACCAGGTAGGCATCATAAGCAACATCAGTATCAATATTGGTAATCTGATCATTATCAACTTCCAGACTTGc > 2:25833/1‑300 (MQ=255) | TCGCGAATAGTCGCCTCCCCAGTTCCTTGATTACCAATTTGAAATTCAATTGAGGAATCATTATTTTTTATTAGCCACTCGCCACCCTTTTCAACGACAACCTGGCCATTACTGCCCGCCTGATAGCCTAAAATGGCGACGATTGAACTCGTGACGTAACCCTTATCCGTAATATTTAATGAACCTGTGCCATAGCTACCTATTTCGAATAATTCGGTCGTCAGAACAGAGTCCTCTCCCTCAACATTGACCGTCCCGACGCCTCCTGTCGAAGAACCTAATCTTAAATAGCCTCCATCGACGTGACCCTTCTGTTTAATATTCAGCGTCCCCGTTCCGGATTGACCCACATTTAAAGGCCTTGCATTATTTCCGCTATCATACAATCGCCAGGTGCCACCCAAAACATTAACGGTGCCCTCTGAGTCCTCATTAGCGCCAATGACGCTGGTAGTAATAGTGGTTAAGGAGGCATTACCGCCAGCCAAAATATTAAGCACTCCAGTGCCATACCAGCCAACCAGGTAGGCATCATAAGCAACATCAGTATCAATATTGGTAATCTGATCATTATCAACTTCCAGACTTGC > NC_000913/1597314‑1597903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |