| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,593,789 | 0 | C | T | 96.9% | 311.2 / ‑1.6 | 96 | intergenic (‑1347/+4828) | hipB/lsrK | antitoxin/DNA‑binding transcriptional repressor HipB/autoinducer‑2 kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base T (47/46); total (47/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACATGACGCATCCACATACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑CCCCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTCAGCGCGAAGTTACCTGCAGAATTACCGCCAACCTCAATGAGTTCAATACCGTTGACCGTTTGTGCACCGACGCCGCCAATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGT > NC_000913/1593497‑1594074 | aCATTACGCATCCACGTACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCt < 2:30847/300‑1 (MQ=255) aggACGCATCCACATACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCtt < 2:47772/297‑1 (MQ=255) aTGACGCATCCACAGACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCGGATATAGCTTCCGGCCTCCTGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCtt < 2:49010/299‑1 (MQ=255) aCGCATCCACATACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GAc < 1:142761/300‑1 (MQ=255) aCGCATCCACAGACTACTTGCCGACCCCTGAGAATGCGGTGAATCTGTATACTGCTGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GAc < 2:175308/300‑1 (MQ=255) tCCACATACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGNAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCNATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACACCAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCCGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCACTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAACTTC‑GACAGTTc > 2:592316/1‑300 (MQ=255) tCCACATACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCCTTTCCTGGTCAGATAACAGTTTTTCTCGTCACTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑GAAG‑TCCCAGCTTC‑GACaatt > 2:88661/1‑296 (MQ=255) tCCACATACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTc > 1:51238/1‑300 (MQ=255) cacaTACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTcc > 1:531584/1‑299 (MQ=255) cTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACGAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑ACGTGTAGACGGTCAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTCCggtggt > 2:651904/1‑300 (MQ=255) cTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACGGTAAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTCCggtggt > 2:651914/1‑300 (MQ=255) tacTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTGCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGTTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTc < 1:395044/297‑1 (MQ=255) tGCTTGCCTACCCCTGAGAATGCAGTGAATCCTTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTc < 2:203804/299‑1 (MQ=255) 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cGTGTAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTCAGCGCGAAGTTACCTGCAGAATTACCGCCAACCTCAATGAGTTCAATACCGTTGACCGTTTGTGCACCGACGCCGCCAATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGt > 1:699802/1‑300 (MQ=255) gtgtAGACG‑TAAG‑TCTCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTCAGCGCGAAGTTACCTGCAGAATTACCGCCAACCTCAATGAGTTCAATACCGTTGACCGTTTGTGCACCGACGCCGCCAATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAAc < 2:648404/296‑1 (MQ=255) gtgtAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTCAGCGCGAAGTTACCTGCAGAATTACCGCCAACCTCAATGAGTTCAATACCGTTGACCGTTTGTGCACCGACGCCGCCAATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGt > 1:483414/1‑299 (MQ=255) gtgtAGACG‑TAAG‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTCAGCGCGAAGTTACCTGCAGAATTACCGCCAACCTCAATGAGTTCAATACCGTTGACCGTTTGTGCACCGACGCCGCCAATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGACCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCACCTTTGCTATTCATTTGAACCGt > 2:403406/1‑299 (MQ=255) aGACG‑TAAT‑TCCCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTCAGCGCGGAGTTACCTGCAGAATTACCGCCAACCTCAATGAGTTCAATACCGTTGACCGTTTGTGCACCGACGCCGCCAATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCg < 2:51238/294‑1 (MQ=255) | ACATGACGCATCCACATACTGCTTGCCGACCCCTGAGAATGCAGTGAATCTGTATACTGCGGCTCACCCAGACGGTCGTGTAAACGATGGCTAAACAGCGAGTTGGCTGCGGCAATGTTGCTGATATAGCTTCCGGCCTCCGGGCGATAAACTGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCC‑A‑GCGTGTAGACG‑TAAG‑CCCCAGCTTC‑GACAGTTCCGGTGGTCAGCGCGAAGTTACCTGCAGAATTACCGCCAACCTCAATGAGTTCAATACCGTTGACCGTTTGTGCACCGACGCCGCCAATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGT > NC_000913/1593497‑1594074 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |