| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,557,720 | G→A | L107F (CTC→TTC) | ddpF ← | putative D,D‑dipeptide ABC transporter ATP‑binding subunit DdpF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,557,720 | 0 | G | A | 98.7% | 246.0 / NA | 75 | L107F (CTC→TTC) | ddpF | putative D,D‑dipeptide ABC transporter ATP‑binding subunit DdpF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (45/29); minor base C (1/0); total (46/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGAGACATTGTGTGAAATCAGCACATAGGTCAGCCCGTGATTTTCCTGTAGCGTTACCAGTAAATTGAGGATCTGCGCCTGAACGGAGATATCCAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCAATGGCGATACGTTGCCGCTGCCCGCCGGAGAACGCATGAGGCAGGCGGTCGAGATACTCCGGACGAATACCCACCTGCACAGCCAACTCCTCTGCCAACGCTCGCCGCTGTTGTTCACTACTACGCTTAGCTATCCAGAGCGGTTCTGTGATGATGCGCCACACCGGTAAGCGCGGATTAAGCGAAGAGAGCGGGTCCTGAAACACCATCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTC > NC_000913/1557425‑1558011 | aCCGAGACATTGTGTGAAATCAGCACATAGGTCAGCCCGTGATTTTCCTGTAGCGTTACCAGTAAATTGAGGATCTGCGCCTGAACGGAGATATCCAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCAATGGCGATACGTTGCCGCTGCCCGCCGGAGAACGCATGAGGCAGGCGGTCGAGATACTCCGGACGAATACCCACCTGCACAGCCAACTCCTCTGCCAACGCTCGCCGCTGTTGTTCACTACTACGCTTAGCTATCCAGAACGGt < 1:538225/300‑1 (MQ=255) aTTGTGTGAAATCAGCACATAGGTCAGCCCGTGATTTTCCTTTAGCGTTACCAGTAAATTGAGGATCTGCGCCTGAACGGAGATATCCAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGANGAGAGTGCTCTGGCAATGGCGATACGTTGCCGCTGCCCGCCGGAGAACGCATGAGGCAGGCGGTCGAGATACTCCGGACGAATACCCACCTGCACAGCCAACTCCTCTGCCAACGCTCGCCGCTGTTGTTCACTACTACGCTTAGCTATCCAGAACGGTTCTGtga < 2:254914/299‑1 (MQ=255) aTTGTGTGAAATCAGCACATAGGTCAGCCCGTGATTTTCCTGTAGCGTTACCAGTAAATTGAGGATCTGCGCCTGAACGGAGATATCCAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCAATGGCGATACGTTGCCGCTGCCCGCCGGAGAACGCATGAGGCAGGCGGTCGAGATACTCCGGACGAATACCCACCTGCACAGCCAACTCCTCTGCCAACGCTCGCCGCTGTTGTTCACTACTACGCTTAGCTATCCAGAACGGTTCTGtga < 1:327102/299‑1 (MQ=255) ttGTGTGAAATCAGCACATAGGTCAGCCCGTGATTTTCCTGTAGAGTTACCAGTAAATTGAGGATCTGCGCCTGAACGTAGATATCCAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCAATGGCGATACGTTGCCGCTGCCCGCCGGAGAACGCATGAGGCAGGCGGTCGAGATACTCCGGACGAATACCCACCTGCACAGCCAACTCCTCTGCCAACGCTCGCCGCTGTTGTTCACTACTACGCTTAGCTATCCAGAACGGTTCTGtga < 1:327488/298‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |