| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,531,969 | G→A | E52K (GAA→AAA) | ydcC → | H repeat‑associated putative transposase YdcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,531,969 | 0 | G | A | 98.5% | 465.7 / 1.0 | 137 | coding (154/1137 nt) | ydcC | H repeat‑associated putative transposase YdcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (53/81); minor base . (1/1); total (55/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGACACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAA > NC_000913/1531674‑1532259 | gggAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGAAAac > 1:744213/1‑300 (MQ=255)gggAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCAGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGCAAac > 2:5017/1‑300 (MQ=255) aaaGATCATCAGGAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTTAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGAAAacac < 2:303317/299‑1 (MQ=255) gATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTTAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGAAAACACATcc < 1:64013/300‑1 (MQ=255) 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atatAGAGGATTTTGGGAAAACACATCCCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGACACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGAc > 2:779986/1‑298 (MQ=25) atatAGAGGATTTTGGGAAAACACATCCCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGACACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTACGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCATAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGAc > 2:406717/1‑298 (MQ=25) gATTTTGGGAAAACACATCCCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGACACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGaaa < 2:714457/300‑1 (MQ=25) | GGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGACACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAA > NC_000913/1531674‑1532259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |