| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,522,601 | G→A | T155T (ACC→ACT) | yncD ← | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,522,601 | 0 | G | A | 98.8% | 283.1 / NA | 83 | T155T (ACC→ACT) | yncD | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (25/57); total (25/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGTTAGCCCACCTGGGTCATCTGCTTTGATATCCACACTATTGAAAATCAGACTTAATTTGCTGGCTTCATCAATGCGTACGCCCAGTTTGGCATTGGCTAAATTTTTCTGTGCGCCACTATGGTCACGATAGCCGTGGGTCGTAAAACGCGTGGTTGAGACGGTGTAATCGACATCGCCAGGCTGTGTGCCGTCTCCCGTTGCGCCCGTTGCTTTCAGCCCATAGCGCCAGCTGCCAAAACTGCCGTAGTAACTACTGGCTTCAATGGTTGGTGGCTGTTGTCCGGTCTGGGTGGTGACATTCATTACCCCACCAGACGCGTTGCCATACAGGGCAGAGAAGGGGCCACGCAGCACTTCCACATTTTGCACACTGCTTAAATCGATGTTGGATGTTTGCCCTTGCCCGTCGGGCATGGTGGCGGGAATACCGTCCACATACAGGCGAATACCGCGAATACCGTAAGTGGAGCGGGAGCCAAATCCGCGAATCGACAGCTGTAAATCTTGCGCATAGTTCTGCCGGTTTTGTACCTGCAAACCAGGCACGCCGGTCAGTGATTCGGACAAGTTAATGCGCGGTGTTGCCA > NC_000913/1522306‑1522896 | tGGTTAGCCCACCTTGGTCATTTGCTTTAATATCCACACTATTGAAAATCAGACTTAATGTACTGGCTTCATCAATGCGTACACCCAGTTTGGCATTGGCTAAATTTTTCTGTGCGCCACTATGGTCACGATAGCCGTGGGTCGTAAAACGCGTGGTTGAGACGNTGTAATCGACATCGCCAGGCTGTGTGCCGTCTNCCGTTGCGCCCTTTGCTTTCAGCCCATAGCGCCAGCTGCCAAAACTGCCGTAGTAACTACTGGCTTCAATGGTTGGTGGCTGTTGTCCGGTCTGGGTAGTGa < 2:595996/300‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |