| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,390,834 | C→T | G10D (GGC→GAC) | ymjC ← | putative uncharacterized protein YmjC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,390,834 | 0 | C | T | 99.0% | 333.1 / NA | 98 | G10D (GGC→GAC) | ymjC | putative uncharacterized protein YmjC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (46/51); minor base G (0/1); total (46/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTCTGTTCCGGGCGGAAATGCGCCGCGTTCGGCGCGTGGGCGGGTTACGGTCATGATCGTCTCTGGTTCAGGAAGTATTACAGGCAGTGTTGTGCAAATTTTGCGGATTATCAAATCCTTTTCTTCAACGCTATGTCATCGATCTTGTATCACTTTTTTGCCGGAAGT‑TGTTTGCATTTTATTAGTTGGATAGGGTTTGTGGATTTTTGCTGGCTGACGGGCAAATAAAGTTTGTTTAATGGTTTGCTTATCTGCCAGTTGATTAATCACATGGCGGGCTATCTGACCGCCAGCACCAAGAATCAGTACATTTTTCATGAAAATTATCCCAGATTATTGGCAGCAATATGCCAGTCCATATCACTATTGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTG > NC_000913/1390544‑1391127 | gttctgttcCGGGCGGAAATGCGCCGCGTTCGGCGCGTGGGCGGGTTACGGTCATGATCGTCTCTGGTTCAGGAAGTATTACAGGCAGTGTTGTGCAAATTTTGCGGATTATCAAATCCTTTTCTTCAACGCTATGTCATCGATCTTGTATCACTTTTTTGCTGGAAGT‑TGTTTGCATTTTATTAGTTGGATAGGGTTTGTGGATTTTTGCTGGCTGACGGGCAAATAAAGTTTGTTTAATGGTTTGCTTATCTGCCAGTTGATTAATCACATGGCGGGCTATCTGACCGTCAGCACCaa > 2:456378/1‑300 (MQ=255) 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aTCTGACCGTCAGCACCAAGAATCAGTACATTTTTCATGAAAATTATCCCAGATTATTGGCAGCAATATGCCAGTCCATATCACTATTGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTc > 1:219678/1‑298 (MQ=255) aTCTGACCGTCAGCACCAAGAATCAGTACATTTTTCATGAAAATTATCCCAGATTATTGGCAGCAATATGCCAGTCCATATCACTATTGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCATGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTc > 2:716090/1‑298 (MQ=255) aTCTGACCGTCAGCACCAAGAATCAGTACATTTTTCATGAAAATTATCCCAGATTATTGGCAGCAATATGCCAGTCCATATCACTATTGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGACTGGCTGCCCGCCAAAATCTGCGt > 2:102915/1‑297 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |