| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 98,436 | C→T | R12C (CGC→TGC) | ftsW → | peptidoglycan glycosyltransferase FtsW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 98,436 | 0 | C | T | 98.8% | 278.5 / NA | 81 | R12C (CGC→TGC) | ftsW | peptidoglycan glycosyltransferase FtsW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (45/35); total (46/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTTAGCCCACTGGCGCGTTACCTGAATGGCGATAACGTACGTCTGTATTGTTTCGGTCGTGACGGCGCGCAGCTGGCGGCGCTACGCCCGGAAGTGGCAGAACAAACCGAAACTAT‑‑GGAACAGGCGATGCGCT‑‑TGCTGG‑CTCCGCGTGTTCAGCCGGGCGATATGGTTCTGCTCTCCCCAGCCTGTGCCAGCCTTGATCAGTTCAAGAACTT‑TGAACAACGAGGCAATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGCGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCG‑AC‑AGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCGCGAAGCGTGATGGTGTCTATCTGATTTTGGCGTTTATTCTGGCGATCATTACGCTGCGTCTGCCGATGGAGTTCTGGCA > NC_000913/98142‑98725 | cTTTAGCCCACTGGCGCGTTACCTGAATGGCGATAACGTACGTCTGTATTGTTTCGGTCGTGACGGCGCGCAGCTGGCGGCGCTACGCCCGGAAGTGGCAGAACAAACCGAAACTAT‑‑GGAACAGGCGATGCGCT‑‑TGCTGG‑CTCCGCGTGTTCAGCCGGGCGATATGGTTCTGCTCTCCCCAGCCTGTGCCAGCCTTGATCAGTTCAAGAACTT‑TGAACAACGAGGCAATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGTGCCt > 1:315425/1‑299 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gAAACTAT‑‑GGAACAGGCGATGCGCT‑‑TGCTGG‑CTCCGCGTGTTCAGCCGGGCGATATGGTTCTGCTCTCCCCAGCCTGTGCCAGCCTTGATCAGTTCAAGAACTT‑TGAACAACGAGGCAATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGTGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCG‑AC‑AGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACtgt < 1:709531/300‑1 (MQ=255) gAAACTAT‑‑GGAACAGGCGATGCGCT‑‑TGCTGG‑CTCCGCGTGTTCAGCCGGGCGATATGGTTCTGCTCTCCCCAGCCTGTGCCAGCCTTGATAAGTTCAAGAACTT‑TGAACAACGAGGCAATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGTGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGTGCTGGTTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCG‑AC‑AGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACtg < 1:136938/299‑1 (MQ=255) aaCTAT‑‑GGAACAGGCGATGCGCT‑‑TGCTGG‑CTCCGCGTGTTCAGCCGGGCGATATGGTTCTGCTCTCCCCAGCCTGTGCCAGCCTTGATCAGTTCAAGAACTT‑TGAACAACGAGGCAATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGTGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCG‑AC‑AGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTgg < 1:716507/300‑1 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1:260772/299‑1 (MQ=255) gggCGATATGGTTCTGCTCTCCCCAGCCTGTGCCAGCCTTGATCAGTTCAAGAACTT‑TGAACAACGAGGCAATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGTGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCG‑AC‑AGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTc < 1:260694/299‑1 (MQ=255) atatGGTTCTGCTCTCCCCAGCCTGTGCCAGCCTTGATCAGTTCAAGAACTT‑TGAACAACGAGGCAATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGTGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATgg > 1:748978/1‑194 (MQ=255) atatGGTTCTGCTCTCCCCAGCCTGTGCCAGCCTTGATCAGTTCAAGAACTT‑TGAACAACGAGGCAATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGTGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATgg < 2:748978/194‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |