| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,818,324 | 0 | G | A | 27.9% | 108.8 / 26.6 | 68 | intergenic (‑50/+149) | argY/argV | tRNA‑Arg/tRNA‑Arg |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/28); new base A (6/13); total (27/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑TTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑TACTTTACTGCAGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGA > NC_000913/2818032‑2818617 | cTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑TTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTACAGCCATATCCAGTAGGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑TACTTTAATGCAGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGACGTATCaa > 1:313531/1‑299 (MQ=255) tGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGTAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCGGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑TTTATTTTACTGCGTATATTGATACCGCTACTAAATCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑TACTTTACTGCAGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAagag < 1:519499/300‑1 (MQ=255) tcTGAAGGTTACGGAGAATACGGTGTATCAGGGAGGGGTCGAACCTCCGACCGTTCGGTTTGTAGTCGAGGACTTTATCCCGCTGAGCTACGGATGCAGCGGGAAAACTTAGTCTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCTGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑TACTTTACTGCAGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAagag < 2:303341/299‑1 (MQ=21) gAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCNAGCTGAGCTACGGATGCATCGGTAAA‑TTTATTCTACTGCGGATATGGATACCGCTACTAAATCCATATTAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑TACTTTACTGCAGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGAt < 1:560154/298‑1 (MQ=255) tatGGTGCATCCGGTAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑TTTATTTTACTGCTGATATTGAGACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑TACTTTACTGCAGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGAt < 1:426756/300‑1 (MQ=255) tGCAGCCGGGAGGATTCGAACCCCCCCCCTCTCGGTTCTTCGCCAGGTACTCTACACAACTGAGCTACGGAGGCATCGGGAAA‑TTTATGTGACTGCTGATATTGATACCGCTACGAAAGCCATATCAAGGAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCACTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑TACTTTACTGCAGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTc < 2:113912/300‑1 (MQ=21) aTCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑TTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTTAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑NACTTTACTGCCGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCAGGGAGGATTACTCGcc > 1:174174/1‑300 (MQ=255) 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1:126652/300‑1 (MQ=255) actaAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAg < 1:129307/299‑1 (MQ=255) actaAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATcc > 1:303950/1‑218 (MQ=255) actaAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATcc < 2:303950/218‑1 (MQ=255) 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CTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑TTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑CT‑TACTTTACTGCAGAT‑TTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGA > NC_000913/2818032‑2818617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |