| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,073,613 | 0 | G | T | 34.5% | 132.7 / 13.2 | 84 | R692L (CGG→CTG) | flu | self recognizing antigen 43 (Ag43) autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/21); new base T (0/29); total (34/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCC > NC_000913/2073318‑2073902 | ttCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCTGGAc < 1:87617/300‑1 (MQ=255) gTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAg < 2:784421/299‑1 (MQ=255) aaCCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATgaga < 2:644220/299‑1 (MQ=255) tGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACATACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCTTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCTGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTgc < 2:443614/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |