| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 141,849 | 0 | C | A | 27.2% | 208.3 / 18.0 | 114 | P140Q (CCG→CAG) | hpt | hypoxanthine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/52); new base A (31/0); total (62/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GCTGCGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCG‑AAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAA‑GTCGCTGGCGATTTGTACG‑CTGCTG‑GATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGG‑TAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGG‑CATGG‑CATTTTTATTTGTGGTTG‑GCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCCAGATCACGCAGCAAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGCCCAGCCGTGAAT > NC_000913/141553‑142145 | gctgcGTGGCTCGTTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTAATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCG‑AAAGTGCGTGAGGTCTTAAGCCTGCGCGAACCGAA‑GTCGCTGGCGATTTGTACG‑CTGCTG‑GATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCAGG‑t > 1:699621/1‑300 (MQ=255) 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tCCCGT‑TAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGG‑CATGG‑CATTTTTATTTGTGGTTG‑GCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCCAGATCACGCAGCAAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGCCCAGCCGTGAAt < 1:506483/300‑1 (MQ=255) | GCTGCGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCG‑AAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAA‑GTCGCTGGCGATTTGTACG‑CTGCTG‑GATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGG‑TAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGG‑CATGG‑CATTTTTATTTGTGGTTG‑GCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCCAGATCACGCAGCAAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGCCCAGCCGTGAAT > NC_000913/141553‑142145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |