| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 781222 | 83 (0.870) | 7 (0.080) | 7/554 | 6.8 | 8.9% | noncoding (76/76 nt) | lysY | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 781321 = | 66 (0.740) | intergenic (+99/‑48) | lysY/lysZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGAC > NC_000913/780927‑781514 | aTCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAttt > 1:682021/1‑300 (MQ=255) cAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGAACCACCAATAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCATTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGCGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACGTCa > 2:145386/1‑300 (MQ=255) gATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGGAGTGAGTCATACTACACGACCAACCACTAATGACGGTTAATTAAGCGAAAGTATTTTTTCGTCTCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGTTCAGATGGGAGAGCAACTACCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCAGTCACCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCTCGGTTGGTAGAGCAGGTGACTTTTAATCAATTGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCACGCCCAACCAGTTTTGACATCaaa > 1:263061/1‑300 (MQ=255) gATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCaaa > 1:263103/1‑300 (MQ=255) gATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTACCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCATTTTTAACATCaaa > 1:126585/1‑300 (MQ=255) gATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGAAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGCTCGAATCCTGCACGACCCACCATTTTTAACATCa > 1:126139/1‑298 (MQ=255) aTGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGCACCACCAATAACGACGGCGGGTTAGGTAGGAGTAGTTTGCCGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTCGTTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTAGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTCACATCaaat > 2:130315/1‑299 (MQ=18) gTTGCTTCAGCGACGGCCCGTAGTGCGAGCTAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATCACCGTTGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTACCCAGCGCAGTAGCGGTTGCGTGGTTCGTCTGGTAGACTAACTTTCCTACGATTAGTTGTTCTGCGGTTCGGGTCCGTCATCACCCACCAATCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAgg < 2:632655/299‑1 (MQ=12) aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCANCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAAGGCGag‑cgaag‑c > 2:570395/1‑299 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTACCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCACACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAAGGCGag‑cgaag‑c > 1:226215/1‑299 (MQ=255) 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ccacTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTTaaagt > 2:653114/1‑216 (MQ=255) acgacccaccactaacatatttagttGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTATAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCTTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATNAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAAGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCaa < 2:566240/276‑1 (MQ=11) agacaaaacatagtgagttGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGGGATTAGCTCAGCGGGGAGAGCACCTCCCTGACAAGGGGGGGGTTGGTGGTTAGATCCCGTCATAACCAACCA‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAAGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAg < 1:738260/283‑1 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |