| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,254,787 | G→A | P560P (CCC→CCT) | plsB ← | glycerol‑3‑phosphate 1‑O‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,254,787 | 0 | G | A | 98.9% | 305.9 / NA | 90 | P560P (CCC→CCT) | plsB | glycerol‑3‑phosphate 1‑O‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (31/58); minor base C (1/0); total (32/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCGCAGGAACAGCTCCGCTTTCAGCATTGGGTAAAGCACATTGACGTGCTCCATCAATACGTCGCGGGAGATGTGGCGATGCTGGGTGACGATTGCCGCCATCAGCGAAGGCAGCACCAACATATGCGCAATGTTGTTGCGATAGTAGGTCATCAGCACCGCTTGCTCGCGCGGCAGAATGATGATGTCGCCGATTGTGTCTTTCTCGACTTCAAACTTGTTCATTTGCAGCGCGTGATCGATAAGCTCGCTGGCGCTGGCTGAAGGAACGGTAGAGTCCGTGGAGTAGGGCACGTTGCGCATCAGATCCAGGTAGCAGTTGAGTTGCTCGGTTAACTGCTCGCGGGTGAGTGAGCGCTGACGTGATGCCAGTAGCGCAGTACAGCACAGGTTCATGGCGTTTGCCGCGCCTGCGTTGTTAATGCGTACCATCAGATCGGCAGCAATATTATTGACCGTCGGCGTTAACCATGCCGGACGCACCGCTTCGATGGGATCGATAGATTCACGCCAGTCAGGTACATGCTGGTTAAGGTAGGTCATCAACGGCATTGGTTCACCGAAGTTGACGTAACCCTGACC > NC_000913/4254498‑4255080 | ggcgcAGGAACAACTCCGCTTTCAGCATTGGGTAAAACACATTGACGTGCTCCATCAATACGTCGCGGGAGATGTGGCGATGCTGGGTGACGATTGCCGCCATCAGCGAAGGCAGCACCAACATATGCACAATGTTGTTGCGATAGTAGGTCATCAGCACCGCTTGCTCGCGCGGCAGAATGATGATGTCGCCGATTGTGTCTTTCTCTACTTCAAACTTGTTCATTTGCAGCGCGTGATCGATAAGCTCGCTGGCGCTGGCTGAAGGAACGGTAGAGTCCGTGGAGTAAGGTACGt < 2:15166/296‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |