| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,215,347 | T→A | intergenic (+138/‑131) | metA → / → aceB | homoserine O‑succinyltransferase/malate synthase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,215,347 | 0 | T | A | 99.1% | 376.8 / NA | 110 | intergenic (+138/‑131) | metA/aceB | homoserine O‑succinyltransferase/malate synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (53/56); minor base C (1/0); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTCAGCAGC > NC_000913/4215059‑4215640 | gTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTATAATTAAAAt > 1:433499/1‑299 (MQ=255) 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cTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCAGAAGCGGTAGAGTTTCTGACTGAGCTGGTGAc > 2:70418/1‑299 (MQ=255) aaTAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCGGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGATAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGcc < 1:210514/300‑1 (MQ=255) aaTAAATTTCATCCATATTGTTATCAACAAGTTATCAATTATTTATAATTAAAATGTAAATTGTTTTTGATTTTGCAGTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTTGGGAAGTTTTCGGATCCATGACTAGGAGCTGCACTATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGcc < 2:496371/300‑1 (MQ=255) tATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTTNGGAAGTTTTCGGATCCATGACGATGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCATAACGc < 2:177919/298‑1 (MQ=255) tatTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACt < 1:352338/300‑1 (MQ=255) gTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTcagcagc < 1:551109/300‑1 (MQ=255) | GTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTCAGCAGC > NC_000913/4215059‑4215640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |