| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
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tGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAATAGGCAAAAATGATGGGAGAATTCTGAATTTTGGCCACGGAAAATAAGTATGTAAGGATAATCAAACATCGTGTGCGCTGATGGCAGAGTAGGTgga < 1:72897/300‑1 (MQ=255) tGAAGATAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAATAGGCAAAAATGATGGGAGAATTCTGAATTTTGGCCACGGAAAATAAGTATGTAAGGATAATCAAACATCGTGTGCGCTGATGGCAGAGTAGGTgga < 1:72798/300‑1 (MQ=255) ggTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAANAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACANGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAATAGGCAAAAATGATGGGAGAATTCTGAATTTTGGCCACGGAAAATAAGTATGTAAGGATAATCAAACATCGTGTGCGCTGATGGCAGAGTAGGTGGAGGAc > 2:412740/1‑300 (MQ=255) | GAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTACCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGT‑AAAAAAATATTGTTTAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAATAGGCAAAAATGATGGGAGAATTCTGAATTTTGGCCACGGAAAATAAGTATGTAAGGATAATCAAACATCGTGTGCGCTGATGGCAGAGTAGGTGGAGGAC > NC_000913/3623245‑3623836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |