| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 141,849 | 0 | C | A | 29.9% | 170.2 / 13.6 | 87 | P140Q (CCG→CAG) | hpt | hypoxanthine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/42); new base A (26/0); total (45/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGCTGCGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGTGGTTGGCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCCAGATCACGCAGCAAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGCCCAGCCG > NC_000913/141551‑142140 | ctgctgCGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTAATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCAGTCGTGAAGTGAACGTccc > 2:351831/1‑299 (MQ=255) tgcGTGGCTCATTTATGTTTATTTCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATTAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAg < 2:73302/300‑1 (MQ=255) tgcGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCTTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCTTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAg < 1:212883/300‑1 (MQ=255) tgcGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAg < 1:212935/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |