| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,939,119 | IS2 (+) +5 bp | coding (893‑897/993 nt) | rbsR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator RbsR |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3186096 = | NA (NA) | 83 (1.180) | 53/590 | 0.2 | 100% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3939123 | 0 (0.000) | coding (897/993 nt) | rbsR | DNA‑binding transcriptional dual regulator RbsR | |||||
| * | ? | NC_000913 | 3939119 = | 0 (0.000) | 102 (1.460) | 67/590 | 0.0 | 100% | coding (893/993 nt) | rbsR | DNA‑binding transcriptional dual regulator RbsR |
| ? | NC_000913 | = 4499511 | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GCAACTGTCGATTAGTTTAGGCGTTGCTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCACAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTCTGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGAATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3939416‑3939119‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCGGGCG < NC_000913/4499511‑4499227 GCAACTGTCGATTAGTTTAGGCGTTGCTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCACAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTCTGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGNATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCTT > 1:104550/1‑299GCAACTGTCGATTAGTTTAGGCGTTGCTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCACAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTCTGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGNATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGACAGCTT > 1:104592/1‑299GCAACTGTCGATTAGTTTAGGCGTTGCTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCACAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTATGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGNATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACACCAATCGACAGCTT > 1:105491/1‑299 CTGTCGATTAGTTTAGGCGTTGCTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCACAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTCTGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGAATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCTTGGATT > 1:211253/1‑300 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GTTTAGGCGTTGCTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCAAAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTCTGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGAATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGTGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCATATA > 2:26696/1‑300 GTTGCTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCACAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTCTGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGAATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAG < 1:507587/299‑1 CTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCACAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTATGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGAATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGACAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAT > 2:123157/1‑299 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GGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATNACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGT < 1:123157/300‑1 CGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCT > 1:267158/1‑300 GGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTC < 2:540930/298‑1 GTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTC > 1:190012/1‑300 GAGTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCAAACATCC > 2:389652/1‑300 AGTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCG < 1:53906/300‑1 GTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTAGGTTCAAGTCCAAACATCC > 2:325603/1‑298 GTACATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTNTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCC > 1:394318/1‑298 ATCAATCGCCAGCTTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCGGGCG < 1:58331/299‑1 GCAACTGTCGATTAGTTTAGGCGTTGCTGTAAGTGCGGCCGTCCTTCGCGTTTATGAAGGAATGGAAGGCACAACGACTGTCGAACAATTCCACTATACGTTTATCACAATGGGCATTATTACTGTTGCTTCAGCAGCAATGTTCATGCTTCTGAAAACAACCGATGGTAATAATTTGATCAAAAGACAGCGTAAATCTAAGCCGAACCGCGTTCCATCAGAATCGGAGTAAGTTGTAATCGTTGTTGCTGAAGGGTCGGCTGGGTTATCCGATGGATGAGTACATCAATCGCCAGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3939416‑3939119‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCGGGCG < NC_000913/4499511‑4499227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |