| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,543,877 | G→A | P237P (CCG→CCA) | rpnA → | recombination‑promoting nuclease RpnA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,543,877 | 0 | G | A | 98.9% | 305.4 / NA | 88 | P237P (CCG→CCA) | rpnA | recombination‑promoting nuclease RpnA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (37/50); minor base C (1/0); total (38/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTCGCCGATCCCAAACTGGCAAGGCAGCTTTATGCCTCCGCATTTCCGCTGATTGATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGACATCATGCGCTTTACCGGGCTGTCAGAAGAAGAGTTGGCTGCGGCGAGTCAGTAAAGTTCTGTCTCGCCATTTCAAAAGCCACCTACACCCTCTGCTTCAACGCCACCAGCAGGTGACAAAACTCGGCCGGATGCGAAATAAATGGCGCATGGGCCGCTTTGGCGAAGATATATGA > NC_000913/3543582‑3544166 | gTTTCGCCGATCCCAAACTGGCAATGCAGCTTTATGCCTCCGCATTTCCGCTGATTGATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGNAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAac < 2:452979/300‑1 (MQ=255)gTTTCGCCGATCCCAAACTGGCAAGGCAGCTTTATGCCTCCGCATTTCCGCTGATTGATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATTGTGCTGGTAGAGNAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGTCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAac < 2:453063/300‑1 (MQ=255)gTTTCGCCGATCCCAAACTGGCAAGGCAGCTTTATGCCTCCGCATTTCCGCTGATTGATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAac < 2:272523/300‑1 (MQ=255) gATCCCAAACTGGCAATGCAGCTTTATGCCTCCGCATTTCCGCTGATTGATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAAGgag < 1:83989/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |