| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 262,854 | G→A | intergenic (+98/‑17) | proA → / → thrW | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase/tRNA‑Thr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 262,854 | 0 | G | A | 98.8% | 280.3 / NA | 84 | intergenic (+98/‑17) | proA/thrW | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase/tRNA‑Thr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (51/32); minor base C (1/0); total (52/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTGGAAGCACTGACCACTTACAAGTGGATCGGCATTGGTGATTACACCATTCGTGCGTAAATAAAACCGGGTGATGCAAAAGTAGCCATTTGATTCACAAGGCCATTGACGCATCGCCCGGTTAGTTTTAACCTTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTGAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAATTGTTACGTAAGATCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGTACACCACTCCTAAATTTAATGTGTTGGCAATGT > NC_000913/262560‑263148 | aGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTGGAAGCACTGACCACTTACAAGTGGATCGGCATTGGTGATTACACCATTCGTGCGTAAATAAAACCGGGTGATGCAAAAGTAGCCATTTGATTCACAAGGCCATTGACGCATCGCCCGGTTAGTTTTAACCTTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTAAACAt < 1:611706/300‑1 (MQ=255) ttttGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTGGAAGCACTGACCACTTACAAGTGGATCGGCATTGGTGATTACACCATTCGTGCGTAAATAAAACCGGGTGATGCAAAAGTAGCCATTTGATTCACAAGGCCATTGACGCATCGCCCGGTTAGTTTTAACCTTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTAAACATGTcc < 1:567809/300‑1 (MQ=255) gAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTGGAAGCACTGACCACTTACAAGTGGATCGGCATTGGTGATTACACCATTCGTGCGTAAATAAAACCGGGTGATGCAAAAGTAGCCATTTGATTCACAAGGCCATTGACGCATCGCCCGGTTAGTTTTAACCTTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTAAACATGTCCTTTCAGGGc < 1:509476/299‑1 (MQ=255) ggATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTGGAAGCACTGACCACTTACAAGTGGATCGGCATTGGTGATTACACCATTCGTGCGTAAATAAAACCGGGTGATGCAAAAGTAGCCATTTGATTCACAAGGCCATTGACGCATCGCCCGGTTAGTTTTAACCTTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTAAACATGTCCTTTCAGGGCCGatat > 1:65850/1‑300 (MQ=255) cGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTGGAAGCACTGACCACTTACAAGTGGATCGGCATTGGTGATTACACCATTCGTGCGTAAATAAAACCGGGTGATGCAAAAGTAGCCATTTGATTCACAAGGCCATTGACGCATCGCCCGGTTAGTTTTAACCTTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTAAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTc > 2:376095/1‑300 (MQ=255) cGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTGGAAGCACTGACCACTTACAAGTGGATCGGCATTGGTGATTACACCATTCGTGCGTAAATAAAACCGGGTGATGCAAAAGTAGCCATTTGATTCACAAGGCCATTGACGCATCGCCCGGTTAGTTTTAACCTTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTAAACATGTACTTTAAGGGCCGAtata > 2:265/1‑296 (MQ=255) cTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTGGAGGCACTGACCACTTACAAGTGGATCGGCATTGGTGATTACACCATTCGTGCGTAAATAAAACCGGGTGATGCAAAAGTAGCCATTTGATTCACAAGGNCATTGACGCATCGCCCGGTTAGTTTTAACCTTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTAAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTCAGtt > 2:507090/1‑298 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |