| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,585,230 | A→G | L511P (CTG→CCG) | hsdR ← | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,585,230 | 0 | A | G | 96.7% | 212.2 / NA | 60 | L511P (CTG→CCG) | hsdR | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (26/32); minor base T (0/2); total (26/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCAGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCC > NC_000913/4584950‑4585514 | aCGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGACGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCgagaga > 2:544739/1‑300 (MQ=255)aCGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATACGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCCGTTGAAGGTGTCGCAGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAagcga > 2:120052/1‑297 (MQ=255) cAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGt > 2:34706/1‑300 (MQ=255) aTCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGaa > 1:9206/1‑300 (MQ=255) 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ttCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTtacc < 2:635200/300‑1 (MQ=255) acgaTACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGtc > 1:219057/1‑300 (MQ=255) gTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGtcgccatc > 2:398758/1‑298 (MQ=255) 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aTTTATCCGTCAGCCCTTTACTGTCGAAGATGCTGTTGGAGTTGTCGCCGTTAATACGCATATCTTCAAACACGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAATGGCGGTCGACAAGGAAGAGAGTGCGTTTAAAACGCTTGGACTGGATCAGGCGGAACATCATTGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAGCCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGt < 2:288489/300‑1 (MQ=255) aTTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGTGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGt < 2:288501/300‑1 (MQ=255) aTTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCCTCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGt < 2:566125/300‑1 (MQ=255) aTTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGt < 1:49721/300‑1 (MQ=255) tttATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTTAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGNTTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGt < 2:474278/299‑1 (MQ=255) gTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGc < 1:583109/299‑1 (MQ=255) gCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTTAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCTGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAAcc < 2:219057/300‑1 (MQ=255) gCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAAc > 1:218842/1‑299 (MQ=255) gCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCATTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAAcc > 1:219186/1‑300 (MQ=255) aaTGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGAtt < 2:309827/300‑1 (MQ=255) gTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTANCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCAATGATTCt > 2:209206/1‑299 (MQ=255) gTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTc > 1:445974/1‑300 (MQ=255) 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gTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGctc < 1:495414/299‑1 (MQ=255) cTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCACAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTcc > 2:230365/1‑299 (MQ=255) | ACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCAGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCC > NC_000913/4584950‑4585514 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |