| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 84,305 | 2 bp→CG | intergenic (‑597/‑62) | leuL ← / → leuO | leu operon leader peptide/DNA‑binding transcriptional dual regulator LeuO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 84,305 | 0 | T | C | 100.0% | 373.7 / NA | 103 | intergenic (‑597/‑63) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/DNA‑binding transcriptional dual regulator LeuO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (40/63); total (40/63) | |||||||||||
| * | NC_000913 | 84,306 | 0 | C | G | 97.1% | 322.9 / NA | 103 | intergenic (‑598/‑62) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/DNA‑binding transcriptional dual regulator LeuO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (40/60); minor base T (0/3); total (40/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAACCACAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCAGGAGCAAAACATTACTCGTGCCGCTCATGTTCTGGGAATGTCGCAACCTGCGGTCAGTAACGCTGTTGCACGCCTGAAGGTGATGTTTAATGACGAGCTTTTTGTTCGTTATGGC > NC_000913/84018‑84586 || ttGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCANATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCGAGGATTATTtc < 1:136777/300‑1 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TTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAACCACAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCAGGAGCAAAACATTACTCGTGCCGCTCATGTTCTGGGAATGTCGCAACCTGCGGTCAGTAACGCTGTTGCACGCCTGAAGGTGATGTTTAATGACGAGCTTTTTGTTCGTTATGGC > NC_000913/84018‑84586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |