| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,508,810 | C→T | intergenic (‑193/‑199) | insI3 ← / → insO | IS30 family transposase/IS911B regulator fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,508,810 | 0 | C | T | 99.2% | 406.3 / NA | 122 | intergenic (‑193/‑199) | insI3/insO | IS30 family transposase/IS911B regulator fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (51/70); minor base G (0/1); total (51/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAA‑TTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTT‑GAACTTT‑TTAGAGTAACGTTGGGTT‑TTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGCAGTCAGGTACTTGAGCTACATGGCATCAGCCACGGTTCGGCCGGAGCAAGAA > NC_000913/4508516‑4509105 | gggTTTTGAACCCATGATATTCGCTATTTCACTTAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAA‑TTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAATCCAt < 1:305528/299‑1 (MQ=255) 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ttttCTGTCGGCGGTAATCTATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCATTCTGACAGCTTCGGCTTT‑GAACTTT‑TTAGAGTAACGTTGGGTT‑TTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGCAGTCAGGTACTTGAGCTACATGGCATCAGCCACGGtt < 2:252429/298‑1 (MQ=255) ttttCTGGCGGCGGTAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGTAATAGATAATCGGTAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTT‑GAACTTT‑TTAGAGTAACGTTGGGTT‑TTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGCAGTCAGGTACTTGAGCTACATGGCATCAGCCACGGt < 2:126693/297‑1 (MQ=255) ggTAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTT‑GAACTTT‑TTAGAGTAACGTTGGGTT‑TTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGCAGTCAGGTACTTGAGCTACATGGCATctgtctcttatacacatctcgcag < 1:528547/299‑24 (MQ=255) gTAATCCATTGTCTTAAAGTGCCTTCAGGAATAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTT‑GAACTTT‑TTAGAGTAACGTTGGGTT‑TTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGCAGTCAGGTACTTGAGCTACATGGCATCAGCCACGGTTCGGCCGGAGCaagaa < 2:58905/300‑1 (MQ=255) gTAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAATAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTT‑GAACTTT‑TTAGAGTAACGTTGGGTT‑TTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGCAGTCAGGTACTTGAGCTACATGGCATCAGCCACGGTTCGGCCGGAGCaagaa < 1:441330/300‑1 (MQ=255) gTAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTT‑GAACTTT‑TTAGAGTAACGTTGGGTT‑TTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGCAGTCAGGTACTTGAGCTACATGGCATCAGCCACGGTTCGGCCGGAGCaagaa < 1:230966/300‑1 (MQ=255) | GGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAA‑TTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGGTAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTT‑GAACTTT‑TTAGAGTAACGTTGGGTT‑TTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGCAGTCAGGTACTTGAGCTACATGGCATCAGCCACGGTTCGGCCGGAGCAAGAA > NC_000913/4508516‑4509105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |