| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,143,377 | C→T | S283L (TCA→TTA) | frwC → | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,143,377 | 0 | C | T | 96.1% | 171.6 / NA | 52 | S283L (TCA→TTA) | frwC | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (26/23); total (28/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCC > NC_000913/4143082‑4143668 | ggTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGtt > 1:396413/1‑300 (MQ=255) gTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTACCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGttt < 1:582419/300‑1 (MQ=255) ttCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTTGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAg < 2:42322/295‑1 (MQ=255) tCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATTCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCGGGGGATTGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGTTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTg < 1:82229/300‑1 (MQ=255) 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tgtCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGTAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTCTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCa > 1:338807/1‑300 (MQ=255) ttccttccATCGTGGTCGGTTTAGTTTGTCGTCCAGTAACTGCGGCACTGGTCGGTGCGTAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGAAGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATGAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTcc < 2:79306/300‑1 (MQ=255) ttccttccATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTcc < 1:395227/300‑1 (MQ=255) catcatGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGgt > 2:372799/1‑300 (MQ=255) atcatGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAgg < 1:155197/298‑1 (MQ=255) ggTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGcc < 1:7223/300‑1 (MQ=255) | GGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCC > NC_000913/4143082‑4143668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |