| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,906,764 | G→A | intergenic (‑197/+89) | bglG ← / ← phoU | transcriptional antiterminator BglG/negative regulator of the pho regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,906,764 | 0 | G | A | 98.5% | 468.0 / NA | 135 | intergenic (‑197/+89) | bglG/phoU | transcriptional antiterminator BglG/negative regulator of the pho regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (49/83); minor base C (2/0); total (51/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAACGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGAATGGTACGCGAATCTTCCATCATGTAGGTCATCAGTT > NC_000913/3906468‑3907058 | gAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTGTGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCACAg < 1:349260/300‑1 (MQ=255) 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tGCTCACAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATcc < 2:461460/131‑1 (MQ=255) tGCTCACAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAACGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGAATGGTACGCGAATCTTCCATCATGTAGGTCATCAGtt > 1:34835/1‑300 (MQ=255) | GAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAACGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGAATGGTACGCGAATCTTCCATCATGTAGGTCATCAGTT > NC_000913/3906468‑3907058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |