| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,926,292 | C→T | intergenic (+96/‑16) | queF → / → ppnN | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,926,292 | 0 | C | T | 98.5% | 220.5 / NA | 66 | intergenic (+96/‑16) | queF/ppnN | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (41/24); minor base G (0/1); total (41/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCTCATTCCGTCATCACAACGAGTTCCACGAACAGTGCGTGGAACGCATCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCCCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTA > NC_000913/2926005‑2926575 | gTCTCATTCCGTCATCACAACGAGTTCCACGAACAGTGCGTGGAACGCATCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGATATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGttt > 1:272969/1‑300 (MQ=255) cGTCATCAAAACGAGTTCCACGAACAGTGCGTGGAACGCATCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAGATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCNGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCNGTAGTAGCGATTTTGTCCAATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATACATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGAAGATATTTGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGAtt > 2:487164/1‑300 (MQ=255) aaCGAGTTCCACGAACAGTGCGTGGAACGCATCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATAtt < 2:526518/300‑1 (MQ=255) aaCGAATTCCACGAACAGTGCGTGGAACGCACCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTTAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCATTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATAtt < 2:174930/300‑1 (MQ=255) 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tttACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGat < 2:379114/269‑1 (MQ=255) tttACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGat > 1:379903/1‑269 (MQ=255) cGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACt > 2:274186/1‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |