| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,024,914 | 0 | C | A | 25.5% | 216.6 / 11.0 | 99 | L188L (CTC→CTA) | xanQ | xanthine:H(+) symporter XanQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/49); new base A (25/0); total (49/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.30e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTCAGTCAATTTTTCATTTGTTACGGTCATGATTGCGCTGGGCAGCAGCATGAAAAGCGACGGTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTCCTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCGGATCTTCATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGATCGCCATTGGGCTATGTGTCGGCTATATCGCATCGTTATGCCTGGGCATGGTGGATTTCAGCAGTATGCGCAATTTGCCGTTAATCACCATCCCGCATCCGTTCAAATACGGCTTTAGTTTTAGCTTCCATCAGTTCCTGGTGGTTGGCACGATTTATCTGCTTAGCGTGCTGGAAGCAGTCGGCGATATCACCGCCACGGCAATGGTTTCCCGC > NC_000913/3024620‑3025205 | gtcagtcaATTTTTCTTTTGTTACGGTCATGATTGCGCTGGGCAGCAGCATGAAAAGCGACGGTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTCCTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCGGATCTTCATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGTAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGt < 2:133241/300‑1 (MQ=255) ttttCATGTTTTACGGTCATGATTGCGCTGTGCAGCAGCATGAAAAGCGACGTTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTCCTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCGGATCTTCATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACTCCTACCTTCAGCTGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATGATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGt < 2:390294/294‑1 (MQ=255) ttACGGTCATGATTGCGCTGGGCAGCAGCATGAAAAGCGACGGTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTCCTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCGGATCTTCATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTAGGCGTTGGTTTATTGGTTTTactt > 2:313847/1‑296 (MQ=255) ttACGGTCATGATTGCGCTGGGCAGCAGCATGAAAAGCGACGGTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTCCTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCGGATCTTCATTTATCTTGCACTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTAGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAAtt > 2:313572/1‑299 (MQ=255) 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tGATTGCGCTGGGCAGCAGCATGAAAAGCGACGGTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTCCTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCTGATCTTCATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTAGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATc > 1:442744/1‑299 (MQ=255) tGATTGCGCTGGGCAGCAGCATGAAAAGCGACGGTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTCCTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCGGATCTTCATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTAGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATc > 2:103653/1‑299 (MQ=255) tGATTGCGCTGGGCAGCAGCATGAAAAGCGACGGTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTACTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCGGATCTTCATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATc > 2:11409/1‑299 (MQ=255) 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gCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGATCGCCATTGGGCTATGTGTCGGCTATATCGCATCGTTATGCCTGGGCATGGTGGATTTCAGCAGTATGCGCAATTTGCCGTTAATCACCATCCCGCATCCGTTCAAATACGGCTTTAGTTTTAGCTTCCATCAGTTCCTGGTGGTTGGCACGATTTATCTGCTTAGCGTGCTGGAAGCAGTCGGCGATATCACCGCCACGGCAATgg < 1:329139/300‑1 (MQ=255) aaCATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTTTGGTGATCTGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGATCGCCATTGGGCTATGTGTCGGCTATATCGCATCGTTATGCCTGGGCATGGTGGATTTCAGCAGTATGCGCAATTTGCCGTTAATCACCATCCCGCATCCGTTCAAATACGGCTTTAGTTTTAGCTTCCATCAGTTCCTGGTGGTTGGCACGATTTATCTGCTTAGCGTGCTGGAAGCAGTCGGCGATATCACCGCCACGGCAATGGTTTCccgc < 1:103653/299‑1 (MQ=255) | GTCAGTCAATTTTTCATTTGTTACGGTCATGATTGCGCTGGGCAGCAGCATGAAAAGCGACGGTTTTCACGAAGAGTTAATCATGTCGTCGCTTCTCGGCGTCTCCTTCGTTGGCGCATTTCTGGTTGTCGGATCTTCATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGATCGCCATTGGGCTATGTGTCGGCTATATCGCATCGTTATGCCTGGGCATGGTGGATTTCAGCAGTATGCGCAATTTGCCGTTAATCACCATCCCGCATCCGTTCAAATACGGCTTTAGTTTTAGCTTCCATCAGTTCCTGGTGGTTGGCACGATTTATCTGCTTAGCGTGCTGGAAGCAGTCGGCGATATCACCGCCACGGCAATGGTTTCCCGC > NC_000913/3024620‑3025205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |