| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,111,259 | Δ1 bp | coding (718/900 nt) | rfbD ← | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,111,259 | 0 | G | . | 97.8% | 400.0 / 1.3 | 89 | coding (718/900 nt) | rfbD | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base . (27/60); total (28/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
GGATAAAGACGTGTACCAGAACCACCCGCTAAAATAATACCTTTACGCATTTTCATTTCATCATTCCTTTTAATTCATCTTGCTCCACCATCACGAACAAGATGCAAAAACTATTAAATTGCTGTAGTCGTAAATAATTCATTGAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTG‑TATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCC > NC_000913/2110964‑2111557 | ggATAAAGACGTGTACCAGAACCACCCGCTAAAATAATACCTTTACGCATTTTCATTTCATCATTCCTTTTAATTCATCTTGCTCCACCATCACGAACAAGATGCAAAAACTATTAAATTGCTGTAGTCGTAAATAATTCATTGAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTG‑TATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGG‑AATGc > 1:318703/1‑300 (MQ=255) aGACGTGTACCAGAACCACCCGCTAAAATAATACCTTTACGCATTTTCATTTCATCATTCCTTTTAATTCATCTTGCTNCACCATCACGAACAAGATGCAAAAACTATTAAATTGCTGTAGTCGTAAATAATTCATTGAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTG‑TATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGG‑AATGCCTGCtt < 1:473856/300‑1 (MQ=255) tgtACCAGAACCACCCGCTAAAATAATACCTTTACGCATTTTCATTTCATCATTCCTTTTAATTCATCTTGCTCCACCATCACGAACAAGATGCAAAAACTATTAAATTGCTGTAGTCGTAAATAATTCATTGAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTG‑TATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGG‑AATGCCTGCTTTgcgc < 2:61244/300‑1 (MQ=255) gtACCAGAACCACCCGCTAAAATAATACCTTTACGCATTTTCATTTCATCATTCCTTTTAATTCATCTTGCTCCACCATCACGAACAAGATGCAAAAACTATTAAATTGCTGTAGTCGTAAATAATTCATTGAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTG‑TATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGG‑AATGCCTGCTTTgcgc > 1:90073/1‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |