| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 66,403 | C→T | V50I (GTC→ATC) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,403 | 0 | C | T | 98.2% | 186.1 / ‑5.7 | 56 | V50I (GTC→ATC) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (23/32); total (24/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGCGTAGGCC > NC_000913/66109‑66698 | cGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCAGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCAACTGACCCGCATGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCACGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGGTAGAGTAGTTGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAAACACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATCTCGTCAATGGTCATGACg > 2:351018/1‑296 (MQ=255) cATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAAAGCAGTTGGTGAGTTGGTGTCTCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACCTCAACGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTCATCGACGACGGAAGGtt > 2:144221/1‑300 (MQ=255) tttCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCCATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAATCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCAACGGTTTCGATGCTAACCCAGAACAGATCGTCAGCGGTCCTGCTGTTGTCATTGCCACCGGAAGGTTTGATCACAAAAAcgc > 2:278624/1‑300 (MQ=255) tttCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGGGTTGGCGTACCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGCAATCGACGCAGGAAGGTTTGACCCCAAAGaagc > 2:278939/1‑297 (MQ=255) gTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGTTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCt < 1:681959/299‑1 (MQ=255) aGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAAAGGCGCTGACGt > 2:380360/1‑300 (MQ=255) aGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGAACGGGCATGCCTGATCGAGTAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCAACGGTTTCGATGCTAAATACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTCATCGAAGCAGGAAGGTTTGATCACAAAAACGCCGCGCTCGCGACCAACGGCGCTGACGt > 2:381387/1‑300 (MQ=255) 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atgatgCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGGAACGCGTAGGcc < 1:42119/300‑1 (MQ=255) | CGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGCGTAGGCC > NC_000913/66109‑66698 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |