| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 92,327 | G→T | P305P (CCG→CCT) | ftsI → | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 92,327 | 0 | G | T | 98.6% | 240.5 / NA | 72 | P305P (CCG→CCT) | ftsI | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (33/38); minor base C (1/0); total (34/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATTGTGCGTAAAGACCGCTATGGTCGCGTAATTGAAGATATTTCTTCTACTGACAGCCAGGCAGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAACGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTG‑GATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCGGGCTCAACGGTTAAACCGATGGTGGTAATGACCGCGTTGCAACG‑‑TGGCGTGGTGCGGGAAAACTCGGTACTCAATACCATTCCTTATCGAATTAACGGCCACGAAATCAAAGACGTGGCACGCTACAGCGAATTAACCCTGACCGGGGTATTACAGAAGTCGAGTAACGTCGGTGTTTCCAAGCTGGCGTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAA > NC_000913/92032‑92622 | gtaTTGTGCGTAAAGACCGCTATGGTCGCGTAATTGAAGATATTTCTTCTACTGACAGCCATGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAATGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTG‑GATGTCAACACCGGTGAAGTACTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCTGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCt < 2:200137/298‑1 (MQ=255) gtgCGTAAAGACCGCTATGGTCGCGTAATTGAAGATATTTCTTCTACTGACAGCCAGGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTG‑GATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCAGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGCCGTGTTTGAACCTGGCTCAAc > 1:339929/1‑299 (MQ=255) gtgCGTAAAGACCGCTATGGTCGCGTAATTGAAGATATTTCTTCTACTGACAGCCAGGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCNGGTG‑GATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAACCGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCAAc > 2:214202/1‑299 (MQ=255) gCGTAAAGACCGCTATGGTCGCGTAATTGAAGATATTTCTTCTACTGACAGCCAGGCTGCGCACAACCTGGCGCTGAGTATTGATGAACGCCTGCAGGCGCTGGTTTATCGCGAACTGAACAATGCGGTGGCCTTTAACAAGGCTGAATCTGGTAGCGCCGTGCTGGTG‑GATGTCAACACCGGTGAAGTGCTGGCGATGGCTAACAGCCCGTCATACAACCCTAACAATCTGAGCGGCACGCCGAAAGAGGCGATGCGTAAACGTACCATCACCGACGTGTTTGAACCTGGCTCAACGGt > 2:305132/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |