| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 80,529 | C→G | G112G (GGG→GGC) | leuC ← | 3‑isopropylmalate dehydratase subunit LeuC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 80,529 | 0 | C | G | 97.3% | 254.7 / ‑3.0 | 74 | G112G (GGG→GGC) | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase subunit LeuC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (39/32); total (40/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGTTGCCAGTACGTGTTCAACTTCGGAAGTGCCGATACCAAAGGCCAGTGCGCCAAACGCGCCGTGGGTGGCGGTATGCGAGTCGCCGCAGACAATGGTCATCCCCGGCAAGGTGACGCCCTGTTCCGGCCCCATTACGTGGACGATCCCCTGATACGGGTGATTCAGGTCATACAGTTCGACGCCAAATTCTTTGCAGTTTTTGATCAGTTCCTGCATCTGGATACGCGCCATTTCACCGCAGGCATTAATGTCTTTGGTCTGGGTAGAGACGTTGTGATCCATGGTAGCGAAGGTTTTGCCCGGCTGACGTACCGGGCGACCGTGGGCGCGCAGACCATCGAACGCCTGCGGTGAGGTCACTTCATGCACCAGGTGGCGGTCGATATATAACAGTGGGGTTTCGTTTTCGGCTTCGTACACAAC > NC_000913/80247‑80825 | ttCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGTTGCCAGTACGTGTTCAACTTCGGAAGTGCCGATACCAAAGGCCAGTGCGCCAAACGCGCCGTGGGTGGCGGTATGCGAGTCGCCGCAGACAATGGTCATCCCCGGCAAGGTGACGCCCTGTTCCGGGCCCATTACGTGGACGa < 1:23520/299‑1 (MQ=255) cAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGTTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGTTGCCAGTACGTGTTCAACTTCGGAAGTGCCGATACCAAAGGCCAGTGCGCCAAACGCGCCGTGGGTGGCGGTATGCGAGTCGCCGCAGACAATGGTCATCCCCGGCAAGGTGACGCCCTGTTCCGGGCCCATTACGTGGACg < 1:119088/291‑1 (MQ=255) cAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGTTGCCAGTACGTGTTCAACTTCGGAAGTGCCGATACCAAAGGCCAGTGCGCCAAACGCGCCGTGGGTGGCGGTATGCGAGTCGCCGCAGACAATGGTCATCCCCGGCAAGGTGACGCCCTGTTCCGGGCCCATTACGTGGACg > 2:119088/1‑291 (MQ=255) aaaCTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATGATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGTTGCCAGTACGTGTTCAACTTCGGAAGTGCCGATACCAAAGGCCAGTGCGCCAAACGCGCCGTGGGTGGCGGTATGCGAGTCGCCGCAGACAATGGTCATCCCCGGCAAGGTGACGCCCTGTTCCGGGCCCATTACGTGGACGATCCCCTGATa < 2:98695/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |