| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1166125 | 88 (0.990) | 8 (0.100) | 7/558 | 5.9 | 9.4% | coding (41/1305 nt) | ndh | NADH:quinone oxidoreductase II |
| ? | NC_000913 | 1166621 = | 71 (0.850) | coding (537/1305 nt) | ndh | NADH:quinone oxidoreductase II | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGA‑AATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGA‑ACTGCGCG‑ACGAGAAAGGTGAACTGC‑TGGTTCCGGAA‑CGTAAAATCG > NC_000913/1165831‑1166424 | ccccTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCCGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTCATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCt > 2:440343/1‑299 (MQ=255) cccTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCt > 1:68112/1‑298 (MQ=255) ttctATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCt > 1:33101/2‑300 (MQ=255) ctctctATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCNTTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCTGTGCTGGTGGGCt > 2:211007/1‑300 (MQ=255) ctctATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCt > 2:119475/1‑300 (MQ=255) ctctATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCt > 1:33131/1‑300 (MQ=255) ctctATATCACTCTCACAAATTCACTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATCAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATCGCGAAGAACATTTTCNTTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTCTGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAGTTTAAGGGGGTCACGTTGACTAAGCCCTTGGAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGATGGTTGGCt > 2:210691/1‑300 (MQ=255) 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tttttGATCTCACCCGNTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGA‑AATGGCAACANAGCTGGGGCATAAGCTGGNACGCAAGAAAAAAGCCa > 1:575631/1‑300 (MQ=255) cGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGA‑AATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCAAAAATTACGCTGGTc > 2:655551/1‑300 (MQ=255) aattctccTATCTTGTCAGCAACAAAACGCGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATGCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATGGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATNTAAGTGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGA‑AATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCg < 2:492416/294‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGA‑AATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGa > 2:618314/1‑198 (MQ=255) aTTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGA‑AATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTctgtctcttatacacatctcgc < 1:52761/300‑22 (MQ=255) aTAGCTAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATGGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGA‑AATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGc < 2:328439/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |