| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,978,083 | +A | coding (115/351 nt) | flhD ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,978,083 | 1 | . | A | 98.3% | 385.8 / 0.5 | 116 | coding (115/351 nt) | flhD | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base A (55/59); total (55/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GATCAATTCCATTGCCAGCTGAATATCCCGCGCTTCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑TT‑TATGCCGAG‑ACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTG‑TTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTACACT > NC_000913/1977785‑1978373 | gATCAATTCCATTGCCAGCTGAATACCCCGCGCTTCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑tta < 2:155990/300‑2 (MQ=255) 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tttCTTCA‑TTATATGCCTAG‑ACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTG‑TTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTacac < 2:408053/300‑1 (MQ=255) tttCTTCA‑TTATATGCCTAG‑ACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTG‑TTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTacac < 1:663142/300‑1 (MQ=255) tttCTTCA‑TTATATGCCTAG‑ACGAAACATAGCGGACGCTGTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTG‑TTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTTCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAAGAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTacac < 1:218109/300‑1 (MQ=255) tttCTTCA‑TTATATGCCGAG‑ACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTG‑TTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCTTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTacac < 1:219981/300‑1 (MQ=255) tttCTTCA‑TTATATGCCGAG‑ACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTG‑TTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTacac < 2:3684/300‑1 (MQ=255) ttcttcA‑TTATATGCCTAG‑ACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTG‑TTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTACACt < 1:540070/300‑1 (MQ=255) | GATCAATTCCATTGCCAGCTGAATATCCCGCGCTTCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCA‑TT‑TATGCCGAG‑ACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTG‑TTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTACACT > NC_000913/1977785‑1978373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |