| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,530,332 | G→A | L68F (CTT→TTT) | sgcB ← | putative PTS enzyme IIB component SgcB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,530,332 | 0 | G | A | 96.8% | 316.7 / NA | 95 | L68F (CTT→TTT) | sgcB | putative PTS enzyme IIB component SgcB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (48/44); minor base C (3/0); total (51/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGACATGCCGGTACCGCATGCCACAAGGATCTTTTTCATAATGGATGTGCCTCTTGTGTAGTGCCTGAATCAGGCTCAACGGGGAAATGTGCTGCTGACATACCTGCCAGAGCGGTCAATAGGCGGATGC > NC_000913/4530040‑4530624 | gAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAggg < 1:5473/300‑1 (MQ=255) aaaCGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCATGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAGGGa < 1:213907/300‑1 (MQ=255) cGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAGGGATGc > 1:263737/1‑300 (MQ=255) aaTCATCACTTTGATAGGGGGACTTAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAGGGATGCCGTaa < 1:61055/300‑1 (MQ=255) aaTCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAGGGATGCCGTaa < 1:61046/300‑1 (MQ=255) tcatcaCTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCANGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAGGGATGCCGTAATc < 1:609871/300‑1 (MQ=255) atcaCTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACANGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCNGCGCCATTAAACGTAGGGATGCCGTAATCAc < 2:618278/300‑1 (MQ=255) 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cGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTNGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTcc > 1:597433/1‑300 (MQ=255) aTGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATAc < 1:378158/300‑1 (MQ=255) aTGACGATCACCAGGCCCATACCGACAAGACCAATCCCAACCTTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGTGGATGCGGACGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATATGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTGACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTTTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAACGTAGGGATGCCGTAATCACTGGTGGGTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATAc < 2:745391/300‑1 (MQ=255) 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acATTAAACGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGACATGCCGGTACCGCATGCCACAAGGATCTTTTTCATAATGGATGTGCCTATTGTGTAGTGCCTGAATCAGGCTCAACGGGGAAATGTGCTGCTGACATACCTGCCAGAGCGGTCAATAGGCGGATGc > 2:533750/2‑300 (MQ=255) | GAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGACATGCCGGTACCGCATGCCACAAGGATCTTTTTCATAATGGATGTGCCTCTTGTGTAGTGCCTGAATCAGGCTCAACGGGGAAATGTGCTGCTGACATACCTGCCAGAGCGGTCAATAGGCGGATGC > NC_000913/4530040‑4530624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |