Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,001,094 | 0 | G | T | 27.4% | 197.5 / 13.1 | 113 | E627* (GAG→TAG) | elfC | putative fimbrial usher protein ElfC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/43); new base T (1/30); total (40/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACTACACAAAACCTGGGTTTAACGGAGACATTACTCGATGACGGTAACCTGAGCTACAGCGTGCAACAGGGATATAACAGCGAGGGGAAAACGGCTAATGGTAGCGCCAGCATGGATTACAAAGGGGCGTTTGCGGATGCCCGAGTGGGCTACAACTACAGCGATAACGGCAGTCAACAACAACTGAACTACGCTCTTTCAGGCAGTTTAGTTGCCCATTCACAGGGCATTACCCTGGGGCAATCGCTGGGGGAAACTAACGTTCTGATTGCAGCACCAGGCGCAGAGAATACTCGTGTGGCGAACAGCACCGGGCTGAA > NC_000913/1000795‑1001389 | cgctttatttaAGTGGGAACCAGCAAACGGATTGGCATACGGATCAACGGGAGCGGTTGTGAAAGGTGTGCTACAACACGCAAATTAAAGACCTTGCGTTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGTTCAACCTGATACTGATCAGGTGGTGGCTCTAAATTTTTCCCTTCCACTCAATCTTTTGCTCCCCAGAATTAGTGATAGCTATACGAGGAAAAAAAAGTACGCCGGGAGGATTTCTAACACCAGGATCGATAACGAAGGGCACACTACACAAAACCTGGGTTTAACgg < 2:244348/297‑1 (MQ=255) 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CGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACTACACAAAACCTGGGTTTAACGGAGACATTACTCGATGACGGTAACCTGAGCTACAGCGTGCAACAGGGATATAACAGCGAGGGGAAAACGGCTAATGGTAGCGCCAGCATGGATTACAAAGGGGCGTTTGCGGATGCCCGAGTGGGCTACAACTACAGCGATAACGGCAGTCAACAACAACTGAACTACGCTCTTTCAGGCAGTTTAGTTGCCCATTCACAGGGCATTACCCTGGGGCAATCGCTGGGGGAAACTAACGTTCTGATTGCAGCACCAGGCGCAGAGAATACTCGTGTGGCGAACAGCACCGGGCTGAA > NC_000913/1000795‑1001389 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |