Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 246,747 | G→T | S12S (TCG→TCT) | yafL → | NlpC/P60 family protein YafL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 246,747 | 0 | G | T | 98.3% | 410.5 / ‑6.0 | 116 | S12S (TCG→TCT) | yafL | NlpC/P60 family protein YafL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (58/56); minor base C (1/1); total (59/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TTCTTCAGATCTTCATCGATTCGGGCGCGAACAAACGCGTTAGCAGCCATTGGGGTATCTCCTGTGCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCGCTCAAGGCGAGTGACAGACGCTGGCAGGCGCTGGCGGAAAAC > NC_000913/246453‑247029 | ttcttcAGATCTTCATCGATTCGTGCGCGAACAAACGCGTTAGTAGCCATTTGGGTATCTCCTGTGCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGAtt < 1:355119/300‑1 (MQ=255) 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attattGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCCGGATTCCTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCCCATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTACTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCCATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGACAGCACCACCGGGAGCCGATAAAACAGCATCCAAAATGGTTTCCTGCTCCGATCAAGGCGGGTGa > 2:354206/1‑300 (MQ=255) ttattGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCGCTCAAGGCGAGTGAc > 1:477271/1‑300 (MQ=255) attGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCNGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCGCTCAAGGCGAGTGACAg < 1:682136/300‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCGCTCAAGGCGAGTGACAGACGCTGGCAg < 1:22125/300‑1 (MQ=255) cGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCGCTCAAGGCGAGTGACAGACGCTGGCAGGCGCTgg > 2:546659/1‑300 (MQ=255) ttCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCGCTCAAGGCGAGTGACAGACGCTGGCAGGCGCTGGCGGaaa > 1:509461/1‑300 (MQ=255) | TTCTTCAGATCTTCATCGATTCGGGCGCGAACAAACGCGTTAGCAGCCATTGGGGTATCTCCTGTGCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCGCTCAAGGCGAGTGACAGACGCTGGCAGGCGCTGGCGGAAAAC > NC_000913/246453‑247029 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |