Read alignment evidence... | |||||||||||
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Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTTTTGCTCGATGAACCGCTCTCCAACCTCGATGCTGCACTGCGTGTGCAAATGCGTATCGAAATCTCCCGTCTGCATAAACGCCTGGGCCGCACAATGATTTACGTCACCCACGATCAGGTCGAAGCGATGACGCTGGCCGACAAAATCGTGGTGCTGGACGCCGGTCGCGTGGCGCAGGTTGGGAAACCGCTGGAGCTGTACCACTATCCGGCAGACCGTTTTGTCGCCGGATTTATCGGTTCGCCAAAGATGAACTTCCTGCCGGTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATCAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTAGAAGAAGGTGCCACATTCGCTATCGGCCTGCCGCCAGAGCGTT > NC_000913/4247246‑4247837 | tttttGCTCGATGAACCGCTCTCCAACCTCGATGCTGCACTGCGTGTGCAAATGCGTATCGAAATCTCCCGTCTGCATAAACGCCTGGGCCGCACAATGATTTACGTCACCCACGATCAGGTCGAAGCGATGACGCTGGCCGACAAAATCGTGGTGCTGGACGCCGGTCGCGTGGCGCAGGTTGGGAAACCGCTGGAGCTGTACCACTATCCGGCAGACCGTTTTGTCGCCGGATTTATCGGTTCGCCAAAGATGAACTTCCTGCCGGTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATCAAGTg > 1:759875/1‑300 (MQ=255) 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aaGATGAACTTCCTGCCGGTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATCAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGAGATCGCTGACGTCATCCTGGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTa < 2:743325/300‑1 (MQ=255) aaGATGAACTTCCTGCCGGTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATAAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCNGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTa < 2:856356/300‑1 (MQ=255) aGATGAACTTCCTGCCGTTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATAAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCTGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGGGTTGGTag < 1:194320/300‑1 (MQ=255) ttCCTGCCGGTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATAAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTGGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTAGAAGAAGGt < 2:176209/300‑1 (MQ=255) ttCCTGCCGGTAAAAGTGACCGCCACCGCAAGCGATAAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGGCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTAGAAGAAGGt < 1:791576/300‑1 (MQ=255) ctcctaccagTAAAAGTGGCCGCCACCGCAATCGATCAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGGTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTAGAAGAAGGt < 2:11984/291‑1 (MQ=255) cGGTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATAAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAGATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTNAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTAGAAGAAGGTGCCACAt > 2:713851/1‑300 (MQ=255) ggTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATCAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATACCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTAGAAGAAGGTGCCACAtt > 2:53138/1‑300 (MQ=255) aTCAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTAGAAGAAGGTGCCACATTCGCTATCGGCCTGCCGCCAGAGCGtt > 2:741043/1‑300 (MQ=255) | TTTTTGCTCGATGAACCGCTCTCCAACCTCGATGCTGCACTGCGTGTGCAAATGCGTATCGAAATCTCCCGTCTGCATAAACGCCTGGGCCGCACAATGATTTACGTCACCCACGATCAGGTCGAAGCGATGACGCTGGCCGACAAAATCGTGGTGCTGGACGCCGGTCGCGTGGCGCAGGTTGGGAAACCGCTGGAGCTGTACCACTATCCGGCAGACCGTTTTGTCGCCGGATTTATCGGTTCGCCAAAGATGAACTTCCTGCCGGTAAAAGTGACCGCCACCGCAATCGATCAAGTGCAGGTGGAGCTGCCGATGCCAAATCGTCAGCAAGTCTGGCTGCCAGTTGAAAGCCGTGATGTCCAGGTTGGAGCCAATATGTCGCTGGGTATTCGCCCGGAACATCTACTGCCGAGTGATATCGCTGACGTCATCCTTGAGGGTGAAGTTCAGGTCGTCGAGCAACTCGGCAACGAAACTCAAATCCATATCCAGATCCCTTCCATTCGTCAAAACCTGGTGTACCGCCAGAACGACGTGGTGTTGGTAGAAGAAGGTGCCACATTCGCTATCGGCCTGCCGCCAGAGCGTT > NC_000913/4247246‑4247837 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |