Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,990,480 | 0 | C | A | 31.7% | 244.0 / 27.5 | 167 | intergenic (‑120/‑788) | yqeK/ygeG | protein YqeK/TPR repeat‑containing putative chaperone YgeG |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
ATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCATTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAATAT > NC_000913/2990184‑2990779 | aTTGACAGAATTAACATTCACATATCTGGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTTAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCACTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTGTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAAGAATCACCTGCCATCAATACGAAAATTAATACCCCGAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCAt < 1:627876/300‑1 (MQ=255) 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gTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAANGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCagcaagca > 1:711212/1‑300 (MQ=255) ccATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGNTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAatat > 1:686221/1‑300 (MQ=255) ccATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAatat < 1:617039/300‑1 (MQ=255) | ATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCATTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAATAT > NC_000913/2990184‑2990779 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |