New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2817942 | 83 (0.700) | 6 (0.050) | 6/558 | 9.7 | 6.5% | intergenic (‑82/+117) | argQ/argZ | tRNA‑Arg/tRNA‑Arg |
? | NC_000913 | 2818492 = | 95 (0.850) | noncoding (58/77 nt) | argV | tRNA‑Arg | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGT > NC_000913/2817643‑2818240 | ggAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACNCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTAC‑‑TGATATT‑‑GATCCCGCCACCAAAGCCAGATCAATTAAGGGGTGGTGCATCTGGGAGGAtt > 2:837133/1‑300 (MQ=18) agaagaTGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAA‑TTTATTTTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGAttcga > 2:939334/1‑297 (MQ=255) aagaTGGTGTATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGTGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGTAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTc < 2:273189/300‑1 (MQ=255) aagaTGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTc < 1:639112/300‑1 (MQ=255) aagaTGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTc < 1:375811/300‑1 (MQ=255) tGGTGCNTCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCNCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCt < 2:800343/300‑1 (MQ=255) cATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCgg < 2:87422/300‑1 (MQ=255) aTCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGCAAACTCATTTCAATGC‑‑CAATACT‑‑GATCACACTCCTACCGAAATATCAATTAAGAGATGGTACACCAGGGAGGATT‑ACtagcagtgcggc > 1:413770/1‑289 (MQ=17) cGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTACTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAACCTCATTCTACTGC‑‑TGATCTT‑‑GATACCACTACCAAAGACATATCCATTAAGAGGTGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCg > 1:123595/1‑300 (MQ=18) ggaggaTGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGcc < 1:601919/300‑1 (MQ=255) 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cTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGcc < 1:758684/300‑1 (MQ=255) tCGCCCTTCGTGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGTTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGc < 2:816629/300‑1 (MQ=255) tCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCTGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGc < 1:212978/300‑1 (MQ=255) tCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGc < 1:526389/300‑1 (MQ=255) ggCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTatca < 1:231383/300‑1 (MQ=255) cGTTGCTGTCGCAACGTTATCCTTTCGGGTGCCTGCGTTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCGCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTGCTTTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATC‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATcc < 2:488631/300‑1 (MQ=21) cGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCTTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATcc < 2:627988/300‑1 (MQ=255) cGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATcc < 1:414631/300‑1 (MQ=255) cGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAACTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATcc < 2:94409/300‑1 (MQ=255) 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GGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGC‑‑TGATATT‑‑GATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATT‑ACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGT > NC_000913/2817643‑2818240 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |