| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,485,638 | T→A | L422* (TTA→TAA) | evgS → | sensor histidine kinase EvgS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,485,638 | 0 | T | A | 99.2% | 424.4 / NA | 118 | L422* (TTA→TAA) | evgS | sensor histidine kinase EvgS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (62/55); minor base C (1/0); total (63/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GGGCGTTATGGGGGACATTCTTAATATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCAATTAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACAGGTCGATAATGCCAGCGCTGCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCGCGTTACATGATCGATCATTACTATCCTAATGAACTTTATCATTTTCTTATTCCTGGCGTTCCGAATGCATCGCTTTCGTTCGCTTTTCCTCGCGGAGAACCGGAACTTAAGGATATTATTAATAAAGCACTGAATGCAATTCCCCCAAGCGAAGTTCTGCGCCTGACGGAAAAAT > NC_000913/2485348‑2485925 | gggCGTTATGGGGGACATTCTTAATATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATg < 1:699387/300‑1 (MQ=255) 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attattatGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACAGGTCGATAATGCCAGCGCTGCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCGCGTTACATGATCGATCATTACTATCCTAATGAACTTTATCATTTTCTTATTCCTGGCGTTCCGAATGCATCGCTTTCGTTCGCTTTTCCTCGCGGAGAACCGGAACTTAAGGATATTATTAATAAAGCACTGAATGCAATTCCCCCAAGCGAAGTTCTGCGCCt > 1:492285/1‑300 (MQ=255) ttattatGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACAGGTCGATAATGCCAGCGCTGCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCGCGTTACATGATCGATCATTACTATCCTAATGAACTTTATCATTTTCTTATTCCTGGCGTTCCGAATGCATCGCTTTCGTTCGCTTTTCCTCGCGGAGAACCGGAACTTAAGGATATTATTAATAAAGCACTGAATGCAATTCCCCCAAGCGAAGTTCTGCGCCTg > 1:444098/1‑300 (MQ=255) gAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACAGGTCGATAATGCCAGCGCTGCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCGCGTTACATGATCGATCATTACTATCCTAATGAACTTTATCATTTTCTTATTCCTGGCGTTCCGAATGCATCGCTTTCGTTCGCTTTTCCTCGCGGAGAACCGGAACTTAAGGATATTATTAATAAAGCACTGAATGCAATTCCCCCAAGCGAAGTTCTGCGCCTGACGGaaa > 1:750249/1‑300 (MQ=255) | GGGCGTTATGGGGGACATTCTTAATATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCAATTAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACAGGTCGATAATGCCAGCGCTGCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCGCGTTACATGATCGATCATTACTATCCTAATGAACTTTATCATTTTCTTATTCCTGGCGTTCCGAATGCATCGCTTTCGTTCGCTTTTCCTCGCGGAGAACCGGAACTTAAGGATATTATTAATAAAGCACTGAATGCAATTCCCCCAAGCGAAGTTCTGCGCCTGACGGAAAAAT > NC_000913/2485348‑2485925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |