| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 458,790 | IS186 (+) +6 bp :: Δ1 bp | intergenic (+90/‑93) | clpX → / → lon | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Lon protease |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 15387 = | NA (NA) | 91 (0.810) | 62/590 | 0.5 | 100% | noncoding (1/1345 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 458795 | 0 (0.000) | intergenic (+95/‑93) | clpX/lon | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Lon protease | |||||
| * | ? | NC_000913 | 458790 = | 0 (0.000) | 102 (0.900) | 75/592 | 0.2 | 100% | intergenic (+90/‑98) | clpX/lon | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Lon protease |
| ? | NC_000913 | = 609350 | NA (NA) | noncoding (1344/1345 nt) | IS186 | repeat region | |||||
CGCTTCAGGAGAGCCACGTCAGATAATGTTGCAACGTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/15683‑15387‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggaTGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCCCCCTTTTTGGTTAACTAATTGTATGGGAATGGTTAATTATTCACCAGATGCCTGTTGCGCTTCCGGCTTGCCATAAATCAGCAACGGTTTGCTTTGACCATCAATTACCGACTCGTCGATAACCACTTTTTCGACGTCTTCCATGGACGGCAGATCGTACATGGTATCGAGCAGTGCGGCTTCTACGATGGAACGCAGGCCACGGGCACCGGTTTTACGCGCCATCGCTTTCTT < NC_000913/458795‑458503 CGCTTCAGGAGAGCCACGTCAGATAATGTTGNAACGTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATNACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGT > 2:660111/1‑300CGCTTCAGGAGAGCCACGTCAGATAATGTTGCAACGTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCACCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTAGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACNTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATNGGATGT > 2:762769/1‑300 CTTCAGGAGAGCCACGTCAGATAATGTTGCAACGTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCANGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGNTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTT > 2:734085/1‑300 CTTCAGGAGAGCCACGTCAGATAATATTGCAACGTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCAGGCATTAAGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTAGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACAAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCAAGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAAACCTTAAGTTAATGCTTATGGGATGTTT > 2:271352/1‑300 gGATAATGTTGCAACGTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTGGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTANTACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCNACGCCG > 2:761385/2‑300 AGATAATGTTGCAACGTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCG > 1:436878/1‑300 ATGTTGCAACGTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTNTCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGNGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAAT < 2:637418/300‑1 GTCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCACCGGGGCCGTAGGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCCGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGCTAAATCATATCAGGCGTAATACCAAAACCCTTAAGTCAGCGCCTATGGGATGTTTCCCCCACATTCACCGCCGAGAATAGAGGAAAAA > 2:132234/1‑300 TCATGGAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAACCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTACGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAAT > 1:777067/1‑300 GAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAGAATTAAAG > 1:22066/1‑300 GAGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCAAAACCCTTCAGTTAGNGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAGANTTAAAG > 2:757108/1‑300 AGCTGAGCCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGG < 1:517277/300‑1 CCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATA > 1:162618/1‑300 CCCATGCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAAGACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGNGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATA > 2:685841/1‑300 GCAGTGACTTCACGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATC > 1:249099/1‑300 CGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTCTCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCACCCTTTTTGG > 1:752323/1‑300 CGTAATGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATNCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCCCCCNTTTTGG > 2:763302/1‑300 TGACATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGTGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGTAGATAAAATCCCCCCTTTTTGGTTAAC < 1:125202/300‑1 CATCCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCCCCCTTTTTGGTTAACTAA > 1:820202/1‑300 CCCCCCGGGGCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCCCCCTTTTTGGTTAACTAATTG > 1:412991/1‑300 GCCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCCCCCTTTTTGGTTAACTAATTGTATGGGAAT > 1:586689/1‑300 CCGTAAGCCAGCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCAGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGACAGAATTGCTGACCCGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCACCACATTCAACGCAGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCCACCTTTTTGGTTAACTAATTGTATGGGggtg > 2:317339/1‑296 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GCCCCAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCACCCTTTTTGGTTAACTAATTGTATGGGAATGGTTAATTATT > 2:376977/1‑300 CAGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCCCCCTTTTTGGTTAACTAATTGTATGGGAATGGTTAATTATTCACC < 1:774457/300‑1 AGACGTAGCAGAGTTGCAGCATCACGAATTTCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGTTTCCCCCACATTCAACGCCGAGAATAGAGGAAAAATTAAAGGGGAGATAAAATCCCCCCTTTTTGGTTAACTAATTGTATGGGAATGGTTAATTATTCACCA > 1:756820/1‑300 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |