| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 109,960 | G→A | R561H (CGT→CAT) | secA → | protein translocation ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 109,960 | 0 | G | A | 99.0% | 352.0 / NA | 98 | R561H (CGT→CAT) | secA | protein translocation ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (48/49); minor base C (1/0); total (49/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGTCAAACGAACTGACCAAAGCCGGTATTAAGCACAACGTCCTGAACGCCAAATTCCACGCCAACGAAGCGGCGATTGTTGCTCAGGCAGGTTATCCGGCTGCGGTGACTATCGCGACCAATATGGCGGGTCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTCCGACCGAGTATCCGGCATGATGCGTAAACTGGGTATGAAGCCAGGCGAAGCCATTGAACACCCGTGGGTGACTAAAGCGATTGCCAACGCCCAGCGTAAAGTTGAAAGCCGTAACTTCGACATTCGTAAGCAACTGCTGGAATATGATGACGTGGCTAACGATCAGCGTCGCG > NC_000913/109671‑110250 | gtgtCAAACGAACTGACCAAAGCCGGTATTAAGCACAACGTCCTGAACGCCAAATTCCACGCCAACGAAGCGGCGATTGTTGCTCAGGCAGGTTATCCGGCTGCGGTGACTATCGCGACCAATATGGCGGGTCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCATCACGAATcc < 1:619759/300‑1 (MQ=255) cAAACGAACTGACCAAAGCCGGTATTAAGCACAACGTCCTGAACGCCAAATTCCACGCCAACGAAGCGGCGATTGTTGCTCAGGCAGGTTATCCGGCTGCGGTGACTATCGCGACCAATATGGCGGGTCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCATCACGAATCCcgtc > 1:776310/1‑300 (MQ=255) aaaCGAACTGACCAAAGCCGGTATTAAGCACAACGTCCTGAACGCCAAATTCCACGCCAACGAAGCGGCGATTGTTGCTCAGGCAGGTTATCCGGCTGCGGTGACTATCGCGACCAATATGGCGGGTCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAACTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGGGCATCACGAATCCcgtcg < 2:643378/300‑1 (MQ=255) gACCAAAGCCGGTATTAAGCACAACGTCCTGAACGCCAAATTCCACGCCAAGGAAGCGGCGATTGTTGCTCAGGCAGGTTATCCGGCTGCGGTGACTATCGCGACCAATATGGCGGGTAGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAGCAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCCTCACGAATCCAGTCGTATCGATaa > 2:213439/1‑300 (MQ=255) 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gTACCGAGCATCAAGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTCCGACCGAGTATCCGGCATGGTGCGTAAACTGGGTATGAAGCCAGGCGAAGCCATTGAACCCCCGTGGCTGACTAAAGCAATTGCCACCGCCCAGCGTAAAGTTGAAAGCCGTAACTTCGACATTTGTAAGTAACTGCTGGAATATGATGAAGTGGCTAACGCTTAGCGTcgcg > 2:418991/1‑300 (MQ=255) | GTGTCAAACGAACTGACCAAAGCCGGTATTAAGCACAACGTCCTGAACGCCAAATTCCACGCCAACGAAGCGGCGATTGTTGCTCAGGCAGGTTATCCGGCTGCGGTGACTATCGCGACCAATATGGCGGGTCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTCCGACCGAGTATCCGGCATGATGCGTAAACTGGGTATGAAGCCAGGCGAAGCCATTGAACACCCGTGGGTGACTAAAGCGATTGCCAACGCCCAGCGTAAAGTTGAAAGCCGTAACTTCGACATTCGTAAGCAACTGCTGGAATATGATGACGTGGCTAACGATCAGCGTCGCG > NC_000913/109671‑110250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |