| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 28,060 | G→A | V256V (GTG→GTA) | rihC → | ribonucleoside hydrolase RihC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 28,060 | 0 | G | A | 98.8% | 291.5 / NA | 84 | V256V (GTG→GTA) | rihC | ribonucleoside hydrolase RihC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (48/35); minor base C (1/0); total (49/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCCAAACGCCGAGTTTAATATTGCTGCCGATCCAGAAGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTC > NC_000913/27768‑28346 | cGCCAAACGCCGAGTTTAATATTGCTGCCGATCCAGAAGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTc < 1:313951/300‑1 (MQ=255) gCCAAACGCCGAGTTTAATATTGCTGCCGATCCAGAAGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTCa > 1:446546/1‑300 (MQ=255) gTTTAATATTGCTGCCGATCCAGAAGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTCAGGGCGAATTTAc > 2:611037/1‑300 (MQ=255) gTTTAATATTGCTGCCGATCCAGAAGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCAACAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTATCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTCAGGGCGAATTTAc > 2:357699/1‑300 (MQ=255) tAATATTGCTGCCGATCCAGAAGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTCAGGGCGAATTTACCTc > 2:726356/1‑300 (MQ=255) ttGCTGNCGATCCAGAAGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGNCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCa < 2:587965/300‑1 (MQ=255) tCCAGAAGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtggt > 1:674799/1‑300 (MQ=255) aaGCTGCTGCCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCGTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGata > 1:344957/1‑300 (MQ=255) cgctcctgcCTATATCTTCCGCATTTGTGCTGAAATCGCCATGTGCGGTTTGGGGGTCACCAATCAGGCAATATGAACTCCTGACTATCTCTCTACGCTGCCGCAGTTAAACCGTACCTGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCGAAGCTGCTTGCGAATGCACGATCTCGGCGCCATCGCCTGTCTGGTGCACCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTTTTTTGTGGCAGGAGAAACTCAGTGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGatat < 2:265988/295‑1 (MQ=255) gctgcCTGTGTCTTCCGCAGTGGTATTGAAATCGTCATGTGCGGTTTGGATGTCACCAATCAGGCAATATTAACTCCTGACTATCTCTCTACACTGCCGCAGTTAAACCNTACCGGGAAAATGCTTCACGCCCTGTTTAGCCACTACCGTAGCGGCAGTATGCAAAGCGGCTTGCGAATGCACGATCTCTGCGCCATCGCCTGGCTGGTGCGCCCGGACCTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTAGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGAc < 1:529673/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |