Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 332,975 | 0 | C | A | 35.3% | 124.1 / 11.5 | 85 | S202* (TCG→TAG) | pdeL | DNA‑binding transcriptional regulator/c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/26); new base A (30/0); total (59/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.90e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTATCACCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGTGTCGACGAAATCTCCGGTCATATTG > NC_000913/332679‑333274 | cTATCACCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTcggc > 1:623474/1‑300 (MQ=255) agcacccgatCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTTGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTcggcgg < 2:216350/292‑1 (MQ=255) aTCACCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGCTGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTcggcgg > 1:51223/1‑300 (MQ=255) aCCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTATGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTAGGCGGgtt > 2:183554/1‑300 (MQ=255) ccATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGgttg > 1:415858/1‑300 (MQ=255) ccATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTAGGCGGgttg > 1:682031/1‑300 (MQ=255) cacaccTGAAGCCATCGGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGc < 2:423022/296‑1 (MQ=255) cGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAACACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTCTTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGAATGCGGATATTCTGATGCCGGTCAACCATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCACCGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAg > 1:564436/1‑300 (MQ=255) cGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGCTGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAg > 2:306293/1‑300 (MQ=255) cGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTAGGCGGGTTGTTTTTTGGCAg > 2:113676/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |