| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | 16 (0.170) | 13/598 | 5.1 | 12.6% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3890222 = | 111 (1.200) | intergenic (+77/‑14) | tnaA/tnaB | tryptophanase/tryptophan:H(+) symporter TnaB | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGTTATAGCAGGTACAGTAATTGGTGGAGGTATGTTTGCTTTACCTGTTGATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCCTT > NC_000913/3889924‑3890519 | cTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTAATCTaaa > 2:136947/1‑300 (MQ=255) tGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTTCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATGGCGTCACTTCACCGCAAAACTGAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTGAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAg < 2:76292/300‑1 (MQ=255) tGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCTGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGCTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTaagg < 2:321017/300‑3 (MQ=255) tGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTaagg < 2:655659/300‑3 (MQ=255) gTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAgg < 1:541281/300‑1 (MQ=255) ccGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATCCTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCAACTCTCTTACCCTAAATCCTCAATAACAAAAATAGCATTCCTCTAAAGGTGGCATCCTGCCTGATCAAg > 2:37581/1‑300 (MQ=255) gCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCa > 2:403604/1‑300 (MQ=255) 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ttAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGtt < 2:412469/300‑1 (MQ=255) aaCCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGTtat < 1:48258/300‑1 (MQ=255) cATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTANGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGTTATAGc < 2:649600/300‑1 (MQ=255) 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ctctAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGTTATAGCAGGTACAGTAATTGGTGGAGGTATGTTTGCTTTACCTGTTGATCTTGCCGGTNCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGNTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGGTTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCCtt > 2:580339/1‑300 (MQ=255) ctctAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGTTATAGCAGGTACAGTAATTGGTGGAGGTATGTTTGCTTTACCTGTTGATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCATTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCCtt > 1:203308/1‑300 (MQ=255) ccctAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGTTATAGCAGGTACAGTAATTGGTGGAGGTATGTTTGCTTTACCTGTTGATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCCtt > 1:231216/3‑300 (MQ=255) | TTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGTTATAGCAGGTACAGTAATTGGTGGAGGTATGTTTGCTTTACCTGTTGATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCCTT > NC_000913/3889924‑3890519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |